怪獣プレシオザウルスに世界中が恐怖のどん底に陥った。ギルモア博士の召集を受けた００９たちはグルカ島に出発するが、船には以前救出した娘･ヘレナが密かに乗っていた。グルカ島に着いたサイボーグたちは、ブラック･ゴースト団の基地でサイボーグ００１１を鮮やかに倒しす。その後、スパイサイボーグ００１０がヘレナであることが判明するが、００９はヘレナの命を救う。００９の優しさに負けたヘレナは、裏切り者として処分されることになってしまう・・・人を超えた力と悲しみを持つサイボーグ達の心情を、情感豊かに描いた劇場版第二弾。
