IMFが解体され、イーサン(トム・クルーズ)は孤立。チームは優れた技能を持つ諜報員たちによる組織“シンジケート”と対峙する。高度な訓練を受けたシンジケートの工作員たちは、テロ攻撃を通じて新たな世界秩序を作り出そうとしていた。イーサンはチームのメンバーを招集。イギリス人エージェント、イルサ・ファウスト(レベッカ・ファーガソン)と手を組むが、彼女がならず者組織シンジケートのメンバーか否かは謎だ。イーサンとメンバーたちはこれまでで最も遂行困難な任務に挑む。
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