シリーズ興収1,000億円を超える大ヒットSFサバイバル・アクション、遂に完結!トーマスたちは、WCKDに捕らわれたミンホを助けるため、彼が乗った列車を急襲。しかし、そこにはミンホの姿はなかった。隔離地域である都市(シティ)に運ばれたミンホは、WCKDの施設で実験対象となっていた。そこで働くテレサもフレア・ウイルスの抗体の開発のため、ミンホを実験台にしようとしていた。そんな中、トーマスはミンホを救うため、仲間のニュートやブレンダとともにWCKD本部へ潜入することを決断するが…。果たしてトーマスは、“最期の迷路<メイズ>”を攻略し、仲間と未来を取り戻すことができるのか――!?