بعد عدة سنوات من حمايتهم من العالم البشري، يبدأ الإخوة السلاحف في كسب قلوب سكان نيويورك، لقبولهم كمراهقين عاديين من خلال أعمال بطولية. وتساعدهم صديقتهم "آبريل أونيل" لمواجهة عصابة إجرامية غامضة، إلا أنهم سرعان ما يتورطون ويواجهون الصعوبات عندما يتم إطلاق جيش من المتحولين ضدهم.