포켓몬 마스터를 목표로 여행을 계속하는 지우 일행 앞으로 한 통의 초대장이 도착한다. 하지만 그것은 '뮤츠'의 덫이면서 계획이었다. 그런 것도 모른채 지우 일행은 거친 바다를 건너서 '포켓몬성'으로 향한다. 그 곳에서 기다리고 있던 것은 포켓몬을 잡아서, 그것을 기반으로 더욱 강한 포켓몬을 만들어 인간들에 대한 역습을 계획하고 있는 최강의 포켓몬이며, 최강의 포켓몬 트레이너이기도 한 '뮤츠'였다! 측정할 수 없는 뮤츠의 파워에 압도되어 지우 일행이 위기에 처했을 때, 환상의 포켓몬 '뮤'가 나타난다. 그리하여 뮤와 뮤츠는 포켓몬 사상 최고의 최강 배틀로 돌입해버리고 만다. 과연 이기는 것은 어느 쪽일까?!