Il film è tratto dai libri di Eoin Colfer. Artemis Fowl Junior è un ragazzino di 12 anni, al quale rapiscono il padre. Costretto a rimboccarsi le maniche per trovarlo, scopre di discendere da una famiglia di geni del crimine e che per salvare il padre dovrà consegnare ai rapitori l'Aculos, un oggetto magico che appartiene al Piccolo Popolo, esseri Fatati che vivono sottoterra. Artemis Junior troverà l'Aculos e farà amicizia con gli Elfi e un nano gigante, in compagnia dei quali, salverà i due mondi e la vita di suo padre.