La sconfitta inflitta a Khan dallโAmmiraglio Kirk e la creazione del pianeta Genesis sono vittorie che nessuno ha voglia di celebrare. Spock รจ morto e McCoy sta inspiegabilmente perdendo la ragione. Ma unโinaspettata visita di Sarek, il padre di Spock, svela un fatto sorprendente: lโessenza vitale di Spock รจ entrata nel corpo di McCoy. Con un amico vivo e lโaltro no, ma entrambi in pericolo, Kirk cerca di aiutare i suoi compagni rubando lโEnterprise e sfidando la quarantena della flotta spaziale sul pianeta Genesis. Ma anche i Klingons hanno saputo di Genesis e stanno piombando sul pianeta per affrontare Kirk in un duello mortale.