Dans Anaconda, l'équipe de tournage d'un documentaire, dirigée par l'anthropologue Steven Cale (Eric Stoltz) et la réalisatrice Terri Flores (Jennifer Lopez), pénètre dans l'univers mystérieux de l'Amazonie, sur les traces de la légendaire tribu des Indiens Shirishama. Le caméraman Danny (Ice Cube) sent que quelque chose ne tourne pas rond quand un passager louche, Paul Sarone (Jon Voight), un homme solitaire charismatique, un « homme du fleuve » qui affirme connaître les Shirishama, se joint à l'équipe. Mais ce qui pousse Sarone à mener l'équipe de plus en plus loin sur le fleuve, c'est sa propre quête d'un anaconda meurtrier mesurant 12 mètres, et il n'hésitera pas à sacrifier n'importe quoi et n'importe qui pour retrouver son ennemi juré. L'expédition se transforme en cauchemar lorsque Sarone mène l'équipe directement dans la gueule du serpent mortel et qu'ils doivent avoir recours à toutes les ressources primitives imaginables pour tenter de rester en vie.