Αφού παρέμειναν χρόνια προστατευμένοι από τον ανθρώπινο κόσμο, τα αδέρφια Χελωνονιντζάκια σκοπεύουν να κερδίσουν τις καρδιές των Νεοϋορκέζων και να γίνουν αποδεκτοί ως φυσιολογικοί έφηβοι μέσα από ηρωικές πράξεις. Η νέα τους φίλη η Έιπριλ Ο'Νιλ τούς βοηθάει να τα βάλουν με ένα μυστηριώδες συνδικάτο του εγκλήματος, αλλά γρήγορα μπλέκουν άσχημα όταν μία στρατιά μεταλλαγμένων εξαπολύεται εναντίον τους.