Batkid Begins tar publikum tilbake til 15. november 2013, dagen da San Francisco ble Gotham City og en intens strøm av spontan støtte ga gjenklang rundt over hele verden. På én dag, i én by, kom verden sammen for å oppfylle ønsket til en 5-åring. Den lille gutten var Miles Scott, nå i bedring etter leukemi og som drømte om å forvandle seg til Batkid. Hos Make-A-Wish-stiftelsen i Greater Bay Area begynte et enkelt ønske som vokste til at folk rundt over hele verden aktivt heiet på Miles, deriblant president Obama og TV-superhelter. Dette ønsket og denne lille forkjemperen med Batkid kappe resonerte så dypt at filmskaperen Dana Nachman ble inspirert til å undersøke hva som skjer når en liten begivenhet med mål om å oppfylle et ønske, utilsiktet går viral, og til syvende og sist avslører overraskende sannheter om hva som skjer når noen inspirerer samfunnet i vår digitale tidsalder.