Quand le gouvernement fait équipe avec un groupe de super-vilains sous le nom de code de Commando suicide et les oblige à entrer de force dans l'asile d'Arkham pour ramener des informations très secrètes volées par le Sphinx, Batman se retrouve vite impliqué. Mais les choses vont de mal en pis quand l'un des membres du Commando (Harley Quinn) libère le Joker qui a les moyens de faire sauter non seulement l'asile, mais aussi une bonne partie de Gotham City.