Ric O’Barry, in den 60er-Jahren der Trainer von „Flipper“, kämpft seit einem tragischen Vorfall seit fast 40 Jahren mit ganzer Leidenschaft gegen die Industrie, die diese intelligenten und freundlichen Tiere gnadenlos ausbeutet: Mit Delfinarien, Delfin-Shows, Delfintauchgängen und -therapien entstand ein global florierendes Multimilliardengeschäft. Weltweit engagiert er sich gegen den Fang von Delfinen und macht wirtschaftliche und politische Interessen öffentlich, die hinter dem Geschäft mit den Meeressäugern stehen. Was er jedoch im japanischen Küstenort Taiji entdeckt, ist unvorstellbar. In einer abgelegenen Bucht, die von der Außenwelt durch Stacheldraht und Sicherheitspersonal abgeschottet wird, liegt ein dunkles und tödliches Geheimnis. Der Film zeigt, wie sich Ric O’Barry gemeinsam mit Regisseur Louie Psihoyos auf eine Undercover-Mission begibt, um dieses Geheimnis ans Licht zu bringen. Im Stil von „Ocean’s Eleven“ rekrutieren die beiden ein Team von Spezialisten bestehend aus Tauchern, Sufern, Unterwasserfilmern und Special-Effects-Künstlern. Ihr Ziel: die Vorgänge in der Bucht zu filmen und damit aufzudecken, was der Öffentlichkeit bisher verschwiegen wurde. Die Polizei, lokale Behörden und die Fischer von Taiji sind ihnen immer auf den Fersen, doch mit Nachtsichtgeräten, Wärmekameras und weiterer High-Tech-Ausrüstung sind O’Barry, Psihoyos und ihr Team ihren Widersachern immer einen Schritt voraus. Sie kommen dem Geheimnis immer näher. Dem Geheimnis, das nur die Spitze des Eisbergs ist.