Siamo nel 2029 ed il mondo è ormai interconnesso da un’enorme rete elettronica che influenza ogni aspetto della vita. La rete stessa è diventata un campo di battaglia per la squadra di sicurezza Sezione Nove di Tokyo, a cui è stato assegnato il compito di arrestare l’hacker che ha architettato il tutto, conosciuto come il Burattinaio. Le indagini vengono assegnate al Maggiore Motoko Kusanagi, che, come molti nel suo reparto, è un ufficiale cyborg, che da subito si dimostra molto più potente di quanto lo sia la sua controparte umana. Ma nonostante il Burattinaio, che è persino in grado di controllare le menti umane, lasci una scia di vittime, derubandole della propria memoria, Motoko comincia a riflettere sul significato della propria esistenza: è soltanto un prodotto artificiale o c’è qualcosa di più? Cos’è esattamente il “fantasma”, la sua essenza, nel “guscio” cibernetico?