Tarina seuraa kryptozoologian virasto Monarchin sankarillisia ponnistuksia, kun sen työntekijät kohtaavat jumalhirviöitä, joihin kuuluu mahtava Godzilla ja sen vastustajat Mothra, Rodan sekä arkkivihollisensa kolmipäinen King Ghidorah. Näiden pelkiksi myyteiksi oletettujen muinaisten superolentojen noustessa taistelemaan ylivallasta koko ihmiskunnan olemassaolo jää veitsenterälle.