20世紀末，「哥斯拉」和巨型「怪獸」在地球出現，半世紀以來更不斷戰鬥，使人類飽受戰爭波及，最終只好逃離地球。可是經歷長達20年的太空旅程後，他們才發現目標星球不適合人類生存。隨著太空艦上資源減少，絕望感日漸膨脹，以青年晴生（宮野真守 聲演）為中心的「地球歸還派」隨即成為主流。晴生一心只想殲滅哥斯拉為雙親報仇；然而返回地球後，他發現熟悉的家園已經歷兩萬年歲月洗禮 - 哥斯拉亦稱霸了怪獸橫行的地球。在這個未知的世界，究竟人類要怎樣才能重新成為地球的主人翁？
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