A derrota de Khan pelo Almirante Kirk e a criação do planeta Genesis foram vitórias vazias. Spock morreu e McCoy ficou louco inexplicavelmente. É então que uma visita de surpresa de Sarek o pai de Spock traz uma inesperada revelação: McCoy está hospedando a essência espiritual de Spock. Diante de um amigo vivo e outro não mas ambos sofrendo Kirk tenta salvá-los roubando a nave U.S.S. Enterprise e desafiando a quarentena da frota do planeta Genesis. Mas os Klingons também descobriram Genesis e rumam para encontrar Kirk numa batalha mortal.