Nach dem Vierten Weltkrieg im futuristischen Japan ist die Wissenschaft so weit fortgeschritten, dass es der Menschheit möglich ist, durch hochentwickelte Kybernetik ihr Leben zu verändern. Cyber-Terroristen wollen sich dies zunutze machen und drohen, Körper und Erinnerungen der Menschen zu manipulieren. Als Major Motoko Kusanagi und ihr Team mit Ermittlungen zum neuen Cyberbrain-Virus "Fire Starter" beginnen, entdecken sie, dass es in den Regierungskreisen nicht mit rechten Dingen zugeht.