Når Shao Kahns barbarer fra Outworld terroriserer Earthrealm, beslutter Lord Raiden seg for å sette en stopper for blodbadet en gang for alle. Dette fører til en siste Mortal Kombat-turnering, der Earthrealms skjebne skal avgjøres. Her står alt på spill, og Raidens elitelag bestående av Johnny Cage, Sonya Blade, Liu Kang og noen nye fjes setter det hele i gang når de tar opp kampen mot de mest blodtørstige krigerne fra Outworld. Samtidig setter den onde Shinnok en utenkelig plan ut i livet fra Netherrealms dyp – en plan som truer hele tilværelsen. Universet følger med, og vinneren tar alt!