Po rokoch, keď boli korytnačí bratia chránení pred ľudským svetom, sa rozhodli získať si srdcia Newyorčanov a byť prijatí za normálnych tínedžerov prostredníctvom hrdinských činov. Ich nová kamarátka April O'Neilová im v boji proti tajomnému zločineckému syndikátu, ale čoskoro im to prerastie cez hlavu, keď sa na nich vrhne armáda mutantov.