Depois de anos afastados do mundo dos humanos, os irmãos Tartaruga tentam conquistar o coração dos nova-iorquinos e ser aceites como adolescentes normais através de atos heroicos. A sua nova amiga, April O'Neil, ajuda-os a enfrentar uma misteriosa organização criminosa, mas depressa se veem em maus lençóis quando um exército de mutantes é lançado sobre eles.