A Scanner Darkly to historia o gliniarzu i przestępcy. Są jednak tą samą osobą. W niedalekiej przyszłości Ameryka przegrywa wojnę z narkotykami. Szerzy się paranoja, gdy 20% Amerykanów na zlecenie rządu szpieguje pozostałe 80% w imię narodowego bezpieczeństwa i walki z używkami. W tym miejscu pojawia się Fred, rozgoryczony działający pod przykrywką gliniarz rekrutowany przez rząd. Aby utrzymać swoją przykrywę, Fred regularnie zażywa popularną Substancję D. Narkotyk wywołuje u Freda rozdwojenie jaźni. Jego alter ego, którego nie jest świadom, to Bob Arctor, diler narkotyków. Przełożeni Freda montują w jego domu holograficzną kamerę w ramach operacji aresztowania Boba. Specjalny kombinezon zmieniający wygląd użytkownika pozwala Fredowi pojawiać się przed kamerą jako Bob i uniemożliwia jego współpracownikom poznanie jego prawdziwej tożsamości. Kamera w mieszkaniu Freda/Boba ukazuje, że znajomi Boba regularnie się nawzajem zdradzają, aby zdobyć więcej narkotyków.