Phineas a Ferb konečně zjistí, že Perry, jejich milovaný ptakopysk, je opravdový tajný agent, který každý den bojuje se silami zla. Připojují se k němu na dobrodružství, které je vymrští do jiné dimenze, kde skutečně zlý Dr. Dutošvarc převzal vládu nad alternativní Trojstátní oblastí. Když odhalí jeho plán přicestovat zpět do jejich dimenze a obsadit i tamní Trojstátní oblast, parta se musí spojit se svými alter egy, aby ho zastavili.