La acción comienza en un planeta (presumiblemente la Tierra) en una etapa prebiótica. Al borde de una cascada un extraterrestre humanoide espera mientras una enorme nave espacial, que permanecía inmóvil, empieza a alejarse. El humanoide bebe un líquido negro burbujeante y empieza a desintegrarse. Cuando sus restos corporales caen por la cascada, el ADN del extraterrestre sufre una reacción biogenética. En 2089, los arqueólogos Elizabeth Shaw y Charlie Holloway descubren un mismo mapa estelar en escrituras de varias antiguas culturas sin contacto entre ellas, interpretándolo como una invitación de los precursores o diseñadores de la humanidad, o «Ingenieros», a visitar un sistema planetario específico señalado en el mapa. Peter Weyland, el anciano fundador y dueño de la Corporación Weyland, reúne fondos para la creación y lanzamiento de la nave científica Prometeo, con el objeto de viajar hasta la luna distante LV-223, la única habitable en el sistema planetario del mapa. La tripulación de la nave viaja en hipersueño mientras el androide David monitorea el viaje, se entretiene mirando filmes del siglo XX y estudia obras de lingüística tales como La oveja y los caballos.