Scooby-Doo i Kudłaty z niecierpliwością czekają na swoje ulubione święto – Halloween. Potworne przebrania i chodzenie od drzwi do drzwi w poszukiwaniu słodyczy to raj dla tych żądnych przygód głodomorów. Ale w tym roku Halloween zapowiada się raczej gorzko – na lokalnej farmie dyń doszło do zatrucia zbiorów. Warzywa przemieniły się w złowrogie, latające lampiony pod przewodnictwem gigantycznego dyniowego potwora, który niszczy wszystko, co stanie mu na drodze. Scooby-Doo i jego przyjaciele oraz Bill Nye, znany jako Science Guy, i Elwira, władczyni ciemności, łączą siły, by rozwiązać tę gigantyczną zagadkę i uratować Kryształowy Zdrój.