Maailman suosituin sininen siili on palannut seuraavan tason seikkailuun elokuvassa Sonic The Movie 2. Asetuttuaan Green Hillsiin Sonic haluaa innokkaasti osoittaa, että hän pystyy olemaan todellinen sankari. Häntä koetellaan, kun tohtori Robotnik palaa, tällä kertaa uuden Knuckles-kumppanin kanssa etsimään smaragdia, joka pystyy tuhoamaan sivilisaatioita. Sonic lyöttäytyy yhteen oman Tails-apurinsa kanssa, ja yhdessä he lähtevät matkalle ympäri maailmaa etsimään smaragdia ennen kuin se päätyy vääriin käsiin.