Von ihrem Mentor, der Ratte Splinter, im Ninja Kampfsport ausgebildet, leben die vier halb gepanzerten Brüder in New Yorks Kanalisation und sorgen dafür, dass Bösewichte nichts zu Lachen haben und die Einwohner der Stadt ihre Pizza immer ruhig zu Ende essen können. Überall, wo die vier Turtles und ihre menschlichen Freunde April O'Neill und Casey Jones auftauchen, geht die Post ab. Doch seitdem Leonardo, der Anführer der Ninja Turtles, New York verlassen hat, um im Dschungel seine Kampftechnik zu verfeinern, haben sich die anderen drei Brüder voneinander entfernt. Dabei braucht die Stadt gerade jetzt mehr denn je die Hilfe der Turtles: Dunkle Schatten ziehen durch die Straßen und monströse Kreaturen treiben ihr Unwesen. Könnte der exzentrische Milliardär Max Winters hinter dieser Bedrohung stecken? Master Splinter weiß: Leonardo muss zurückkehren, die Brüder müssen sich wieder vereinen und zu alter Energie und Stärke zurückfinden. Nur so kann das Böse aufgehalten werden. (Originaltitel - TMNT)