Voitettuaan arkkivihollisensa Silppurin kilpikonnat kuluttavat aikaansa syöden pitsaa, rullalautaillen ja tehden hanttihommia. Mutta pimeät voimat vaanivat kaupunkia, ja pian nelikko joutuu tähän asti kovimman tehtävänsä eteen. Miljardööri Max Winters haluaa valloittaa maailman voittamattoman hirviöarmeijansa avulla ja ninjakilpikonnat joutuvat turvautumaan kaikkiin taitoihinsa ja temppuihinsa!