Antropomorfinen Tikku-rotta johdattaa neljä kilpikonnasankaria New Yorkin synkille kaduille taistelemaan kaupunkia riivaavaa järjestäytynyttä rikollisuutta vastaan. Tikun vanha arkkivihollinen Silppuri on hankkiutunut jalkaklaaninsa avulla alamaailman hallitsijaksi, ja ainoastaan neljä mutanttininjaa voivat pysäyttää hänet.