Ett år har gått siden Leonardo, Michelangelo, Donatello og Rafael beseiret Shredder. Men fotklanen har reist seg igjen, og skilpaddenes hemmelige hovedkvarter er blitt avslørt. Mens de gjemmer seg hos vennen sin, journalist April O’Neil, oppstår det merkelige mutasjoner hos plantene i byen. Når mutasjonene påvirker en ulv og en alligatorskilpadde, Razhar og Tokka, får gjengen to nye fiender på deres eget nivå.