Miután évekig menedéket találtak az emberi világ elől, a Teknős testvérek arra vállalkoztak, hogy hősies tettekkel megnyerjék a New York-iak szívét, és normális tinédzserként fogadják el őket. Új barátjuk, April O’Neil segít nekik felfedni egy rejtélyes bűnszövetkezetet, de hamarosan nagy bajba kerülnek, amikor mutánsok hada szabadul rájuk.