Dopo anni passati al riparo dal mondo umano, i fratelli Tartarughe decidono di conquistare i cuori dei newyorchesi ed essere accettati come adolescenti normali attraverso atti eroici. La loro nuova amica April O’Neil li aiuta ad affrontare una misteriosa associazione criminale, ma ben presto finiscono nei guai quando un esercito di mutanti viene scatenato contro di loro.