Setelah sekian lama terlindung daripada dunia manusia, Turtle bersaudara mencabar untuk memenangi hati warga kota New York dan diterima sebagai remaja biasa dengan menjadi wira. Kawan baru mereka, April O'Neil membantu mereka menumpaskan sebuah sindiket jenayah misteri, namun mereka berdepan kesukaran apabila sekumpulan mutan muncul.