Seçim, güçlüler ile güçsüzler arasında yaratılmış bir illüzyondur. Matrix üçlemesinin ikinci bölümünde Zion, Makine Ordusu'nun bozgununa uğruyor. 250.000 gözcü robotun Dünya'daki son insan nüfusunu ve güçlenen direnişini yok etmesine saatler kala, Neo (Keanu Reeves) ve Trinity (Carrie-Anne Moss), Morpheus (Laurence Fishburne) ile Matrix'e geri dönerler ve olağanüstü yetenekleri ile silahlarını, baskıcı ve sömürgen güçlere karşı kullanırlar. Sevgi ile gerçeklerin, inanç ile bilginin, amaç ile mantığın çakıştığı bu noktada, Neo seçtiği yolda devam edip, insanoğlunu korkunç ve karanlık kaderinden kurtarmak zorundadır.