Flere år etter at Logan trakk seg tilbake, oppsøkes han av en japansk kvinne som lokker ham til Tokyo for å ta farvel med en gammel venn som ligger for døden. For sent innser han at det ligger en skjult agenda bak møtet. Han blir trukket inn i en voldsom kamp på liv og død, der han i tillegg til kampen mot yakuzaen og ninjakrigere, også må kjempe mot sine indre demoner og sin egen dødelighet.