Ukendte dybder handler om fire finske dykkere og deres kammerater, der trodser myndighederne for at hente deres omkomne venner op fra en underjordisk grotte. En gruppe grottedykkere gennemlever deres værste mareridt, da to af dykkerne omkommer dybt i en grotte i Norge. Selv om et internationalt koordineret bjærgningshold har afbrudt operationen på grund af livsfarlige forhold, beslutter de overlevende dykkere sig for at at samle en egen redningsgruppe for at hente deres omkomne venner op fra grotten. Det livsfarlige dyk gennemføres i hemmelighed over for både myndigheder og medier. I filmen følges den hemmelige operation med hjælp af flere kameraer omkring dykkerne både over og dybt un-der vandets overflade. Ukendte dybder er fortællingen om en livsfarlig operation og om betingelsesløst venskab, hvor venner ikke efterlades, selv ikke hvis man skal sætte sig eget liv på spil.