James Clayton (FARRELL) kanske inte är urtypen för dem som brukar rekryteras till CIA, men då han avslutar sin högskoleutbildning gör han det med ett slutbetyg som överträffar det mesta i landet. Han är precis en sådan person som Walter Burke (PACINO) vill se hos CIA. James betraktar CIA:s verksamhet som ett alternativ till vanligt Svenssonliv, men innan han kan bli erbjuden en fast tjänst måste han genomgå och överleva CIA:s hemliga träningsprogram som bland annat innebär att de nyrekryterade omformas enligt en fastställd modell. Alltmedan Burke lär James spelet regler, klättrar James stadigt upp i hierarkin och på vägen möter han och blir förälskad i en kvinnlig rekryt, Layla. När James börjar ifrågasätta sin egen roll och det katt och råtta-spel som hans förhållande till mentorn Burke utvecklats till, får han i uppdrag att eliminera en mullvad som tagit sig in i organisationen. Ju längre James kommer i sina efterforskningar, desto tydligare blir det hur sanna CIA:s deviser "lita inte på någon" och "ingenting är som det ser ut att vara" verkligen är...