Under en redningsoperasjon i rommet rammes en av X-Mens kjæreste karakterer, Jean Grey, av en kosmisk kraft som forvandler henne til en av de mektigste mutantene noensinne: Dark Phoenix. I kampen mot denne stadig mer ustabile makten og sine egne demoner mister Jean kontrollen, og X-Men-familien rives i stykker idet de står overfor sin mest ødeleggende fiende hittil – en av sine egne.