Dopo aver ucciso Xavier e liberato i mutanti malvagi, Magneto usa la risorta Jean Grey - ora conosciuta come Phoenix, la mutante più potente di tutti - contro gli X-Men. Mentre Logan recluta tutti i membri dell'originale squadra di Xavier e affronta una relazione con Tempesta, Rogue e l'Uomo Ghiaccio prendono la propria strada come futuro degli X-Men.