Questa volta Scooby-Doo, Shaggy, Velma, Daphne e Fred si riuniscono per risolvere il più spaventoso e divertente mistero della loro carriera. L'irresistibile squadra si mette in viaggio verso un'isola infestata dagli spiriti per investigare sul fantasma del pirata Moonscar. Ma scopre che lo spiritello spaccone non è l'unico personaggio da brivido ad abitare l'isola. I famosi investigatori si imbatteranno infatti in strane creature feline e zombie e, per la prima volta nella loro vita, gli sembrerà... che questi esseri provenienti dalle tenebre possano essere effettivamente reali! Ma proprio quando la situazione comincia a diventare spaventosamente sinistra, Scooby e Shaggy la scampano con l'aiuto inaspettato di qualche misteriosa entità.