Als ein nukleares Unterseeboot der US-Navy an einem entlegenen Ort auf den Meeresgrund sinkt, starten die Besatzung einer Unterwasser-Ölbohrstation und ein Expertenteam der Navy einen Rettungsversuch. Als durch einen Hurrikan der Kontakt zwischen der Oberfläche und den Untiefen des Meeres abbricht, beginnt die Crew, Anzeichen einer außerirdischen Intelligenz zu entdecken. Während der Chef der Unterwasserstation, Bud Brigman (Ed Harris), mit seiner Ex-Frau und seiner Vorgesetzten (Mary Elizabeth Mastrantonio) streitet, macht die mysteriöse außerirdische Lebensform ihn langsam paranoid, und er droht, mit einer Nuklearwaffe alles zu zerstören.