電磁戦隊メガレンジャー

アーケードゲーム「メガレンジャー」で遊んでいた高校生・伊達健太は世界科学連邦I.N.E.T.にスカウトされ、研究所に連れて行かれた。一方、健太と同級生の男女4人もその研究所を訪れていた。そんな時、異次元からの侵略者・ネジレジアが研究所を襲い、瀕死の久保田博士は高校生5人にデジタイザーを渡す。

メガレンジャーの活躍によってシャトルは宇宙へと飛び立ったが、地上にはまたネジレ現象が現れようとしていた。たまり場にしていたゲーセンが破壊された健太は一人、ネジレ獣・ エイネジレに立ち向かっていく。いいように翻弄されてしまう健太だったが、仲間たちが駆けつけ、5人は再びメガレンジャーに変身して戦う。

俺は抜けると言って、瞬が耕一郎にデジタイザーを渡した。瞬を追った健太は、彼がコンピューターグラフィックスに夢をかけていることを知る。そんなとき、サイネジレの攻撃がCGセンターにも及び、瞬のCGプログラムは破壊されてしまう。
瞬の夢はどうなるのか？　メガレンジャーはまた5人で戦うことができるのか？

張り切る耕一郎に、残る4人はちょっと呆れ気味だった。
一方、ネジレジアはインターネットを使い、人間のネジレ教育を進めようとしていた。そんな中、健太を助けようとして耕一郎は負傷してしまう。健太たちは自分たちで敵のアジトを突き止め乗り込むのだが、それはシボレナの罠だったのだ！

I.N.E.T.常任理事会からメガレンジャーを高校生で続けることに疑問が出され、ギャラクシーメガには自動操縦プログラムが組み込まれた。一方、デスネジロではメガサーベルの破片を元に、強固な体を持つエビネジレを作り出していた。
プログラムでしか動けないギャラクシーメガはメガサーベルを封じられて苦戦する。

みくは、同級生のシンタロウから「おまえのもうひとつの姿を知っているぞ」と脅される。
一日デートにつきあえば、秘密の写真を返すというのだが、デート中にネジレ獣・ゾウネジレが現れてしまう。
閉じ込められたみくは、シンタロウと一緒なので変身できない。そんな時、久保田博士がデジタンクを使うよう指示を出す。

星空を撮影していた千里はあやしい光を発見し、耕一郎と宇宙観測センターに調査に出かけた。だが、その行く先々で、三島由里花という女の子が邪魔をしてくる。高校の後輩で、耕一郎を「耕ちゃん」と呼び、自称彼女のようだ。
何とか敵の陰謀がわかったが、 大騒ぎする彼女がいて大ピンチに……。

地上界侵略が遅々として進まないことに苛立つジャビウスI世は、Dr.ヒネラーを叱責。
ヒネラーの忠実な部下のユガンデは、メガレンジャーのチームワークを崩せば勝機が見えると、自ら戦いに出る。
ユガンデの罠からメガレッドを救おうとしたメガブラックが重傷を負い、健太はみんなに責められてしまう……。

街をカメラで撮影していた千里は、同じ高校の女の子が子供からCDを奪い取るのを見つける。その彼女は健太の中学からの友だち・冴子らしかった。冴子を捜し、理由を聞く健太。冴子の行動の裏には、ネジレジアの卑劣な作戦があった。そして、秘密を知った彼女に、コウモリネジレの魔の手が迫る！

瞬は母の命日に不思議な少女と出会う。彼女は瞬の思い出のフルートで美しいメロディを吹いてみせる。一方、世界各地で人々が狂暴化していた。事件の特徴は、直前に不思議な笛を吹く少女の姿が目撃されていること。しかもその少女は、瞬と出会った不思議な少女にそっくりだった。少女と出会った場所へと急ぐ瞬だが……。

千里が恋をした？　バースデーケーキを作り、お洒落をして出かける千里のあとを健太たち4人はこっそりつける。しかし、千里を待っていた相手は幼い少女、ルリだった。一方、シボレナは教会のシスターに変装し、子供たちをコントロールする赤いバラを配っていた。ルリもその犠牲となり、バラネジレの洗礼を受けてしまう。

耕一郎はテストで52点という、これまでとったことのない悪い点数を取ってしまい、落ち込んでいた。一方、奇妙な隕石が近くに落ち、メガレンジャーは出動するが、ネジレジアとの戦いでもメガブラックはミスばかりしてしまう。
実はその隕石、 ひょんなことから大岩先生が拾って持ち帰っていたのだが……。

学校へ急ぐ健太は途中で女性とぶつかってしまう。彼女は実は健太たちのクラスの教育実習生、早乙女麻由子だった。一方、ネジレジアは彼女が所属している研究室の持つ遺伝子情報のために麻由子を狙っていた。メガレッドに変身して戦う健太。気絶をしていた麻由子はその姿をぼんやりとした視界で目撃するのだった……。

健太とみくがゲーセンに行くと、小学生たちがメガレンジャーゲームの話をしていた。その中で、おどおどしながらメガピンクが好きと言う少年がいた。その少年・シンヤはメガピンクと会ったことあると言う。身に覚えがなく、驚くみく。一方、シンヤの帰った団地には恐ろしいことが……。

大した活動もないのにデジ研の電気代・電話代が異常だと、耕一郎たちは教頭先生に説教をされる。廃部を避けるためには、明日までに新しい活動のレポートを出さなければならない。一方、瞬は友人、宗一からのメールで別の高校を訪ねていた。そのエリート高のデジ研を見学した瞬は皆の様子が異常なのに気がつく……。

ドクガネジレが空から金色の粉のようなものを撒いていた。その粉は猛毒で、それを浴びた一万数千人は24時間後に確実に死ぬと言う。その中にはメガレンジャーの5人も含まれていた。I.N.E.T.は全力を挙げて毒を中和する方法を探しているが、まだ見つかっていない。パニックに陥る5人は……。

修学旅行で那須高原にやってきた5人。一方、りんどう湖の底ではビビデビがガマネジレの卵を孵化させようとしていた。それに気づいた5人はメガレンジャーに変身して戦うが、何とみくが特製ビームを浴びて倒れてしまう。意識を取り戻したみくは、頭脳明晰・スポーツ万能の「スーパーみく」に変身してしまっていたのだ……！

トレーニングをしていた耕一郎は森の中で不思議な少年と出会った。
そこへ、キノコネジレが姿を現わした。他の4人とメガレンジャーに変身して戦うが、「森へ来ないで」という声とともに竜巻が起こり、キノコネジレは退散してしまう。
謎の声はあの少年の声なのだろうか。悩む耕一郎の前に、またしても少年が現われる。

街を襲撃し、次々に子供を捕らえるクネクネ部隊。その様子を見つめ、不気味に笑うあやしい指揮官。メガレンジャーは出動して応戦するが、拳をあげたメガレッドとクネクネの間にすばやくタケシを割り込ませた謎の影があった。メガレッドは誤ってタケシにパンチを入れてしまう。タケシは重傷を負い、健太は深く思い悩む。

デスネジロの実験室では、ギレールがワニネジレを生まれ変わらせようと実験をしていた。一方、I.N.E.T.ではエンジニアの省吾が、父親でロボット工学の権威である川崎博士に地球に連れ戻されようとしていた。だが、省吾は今の仕事を辞める気はない。
その話を聞いた健太は博士を説得すべく、研究所へ向かった。

出動したメガレンジャーを待ち受けていたのは、5人がかつて倒したネジレ獣たちだった。何度撃退しても、復活してくる。実はこれはギレールの送りこんだネジレ獣・ムカデネジレの悪霊エネルギー発生装置によって蘇ったゾンビだった。
ゾンビネジレ獣にてこずる5人。だが、ギレールの本当の狙いは別にあった……。

夏期講習へ向かう瞬を待ち伏せるみく。一方、アリジゴクネジレのネジレの扉によって、人や車などが突然空間移動する怪現象が起こり、パニックを巻き起こしていた。メガピンクは、アリジゴクネジレがネジレの扉を作るために必要なクリスタルを奪うが、そのままメガブルーとネジレの扉の中へ吹き飛ばされてしまった。

焼き肉屋でバイトをしている健太のもとに、謎の卵が転がり込んできた。
恐竜の卵かもしれないと卵を温める健太に千里は呆れていたが、突然卵にヒビが入り、謎の生物が誕生した。一方、ネジレジアではビビデビの作ったアンコウネジレが誕生した。だが、もう一体作ったはずの、アンコウネジレの弟が行方不明だという。

街に現れたバッファローネジレと戦うメガレンジャーの様子を、バイクに跨がった謎の男が見つめていた。翌日、日常に戻った健太と耕一郎の前にバイク男が現れる。その男は、健太たちがメガレンジャーであることを知っているようだ。
さらに5人のデジタイザーに、あのバイク男から通信が届く。

メガシルバー・早川裕作。彼はI.N.E.T.の天才エンジニアであり、特別開発班のチーフだった。その彼がメガスーツのプロトタイプを装着してネジレジアと戦ったことに腹を立てた久保田博士は、月に戻って自分の任務を遂行するよう命令する。一方、ネジレ反応のあった海岸に出動した5人は、周辺の調査に乗り出す。

クネクネに追われる男をメガレンジャーが救出しようとしたとき、男の持つスティックから光線が放射され、ギレールらは退散してしまった。その男は行方不明になっていた南波博士だった。彼はネジレジアに囚われていたが、その間にネジレジアのパワーを奪う「ネジレエネルギー中和装置」を開発したというが……。

神之島では、島の少年・大地に泳ぎを教えていた女の子が海に引きずりこまれてしまった。何も出来ず立ちすくむ大地。一方、大岩先生に連れられた5人は神之島に向かっていた。島に着いた5人は、ホテルにも周辺にも誰もいないことに気付く。ノーテンキな健太は泳ぎに行くが、他の4人は周辺を調べてみることに。

千里の前に突然現れた名古屋おばあちゃん。驚く千里に構わず取り出したのは見合い写真。
そこへ、待ち合わせをしていた耕一郎が現れる。千里はその場を乗り切るべく、耕一郎が彼氏であると嘘をつく。さらにデジタイザーが鳴り響くが、おばあちゃんが付きまとっているため、千里はなかなか変身できないでいた。

瞬に、ちょっと太ったと言われ大ショックのみくは早速ダイエットを決意するが、食事の量を少し減らしただけでもふらふら。そこに、このクレープを食べれば何をどれだけ食べても太らないという、ダイエット・クレープの歌が聞こえてくる。すぐさま飛びつくみくだったが、その食欲はとんでもない勢いで加速していった。

ギレールはユガンデを呼び出し、メガレンジャーをおびき出すべく、採掘場で暴れ始めた。出動する5人。
その時、突然ギレールがユガンデの背中を斬りつけた。
ギレールはユガンデの体を取り込み、二刀流の怪人・ギガギレールとなった。さらに、戦いの中でメガブルーは頭を強打され、瞬は記憶を失ってしまう。

I.N.E.T.のメンテナンス担当・省吾は、研究所にスーパーギャラクシーメガの新しい武器を作ってもらっていた。
一方、ギレールはDr.ヒネラーのカプセルでパワーアップしていた。その強さは想像を絶するほどで、メガレンジャーの5人も太刀打ちできない。それどころか、生身の省吾も巻添えで傷を負ってしまう。

決死の“ビッグバンアタック”も通用せず、マッドギレールとギギレに徹底的に痛めつけられるスーパーギャラクシーメガ。もはや破壊寸前と思われたその時、月面基地の裕作から通信が入った。デルタメガを分離させて月面基地へ向かうメガレンジャー。月面基地の格納庫で5人を出迎えたものは……。

5人の前に月から健太に会いに来たという少女が現れる。一方、デスネジロではDr.ヒネラーが、メガレンジャー対策として、ネジレ獣をはるかに凌駕する最高の頭脳とパワーを持った生命体・サイコネジラーを開発していた。同時にユガンデも復活、Dr.ヒネラーは彼に“ダーク・クライシス”なる強力な剣を与えた。

弟の真二に、最近サッカーの練習に付き合ってくれないと言われた耕一郎。一方、デスネジロでは、突然真二のチームのコーチが現われた。その正体はヤマアラシネジラーだったのだ。彼の作戦は、手始めにサッカーチームの子供達を人間兵器に仕立て上げ、ゆくゆくは世界中を壊滅させるというものであった……。

I.N.E.T.月面基地ではメガレンジャーの5人が健康診断を受けていた。裕作を呼びに行った健太とみくは、裕作の立ち話を聞いてしまい、厳重に口止めされる。一方、地上ではカマキリネジラーが街を破壊していた。苦戦するメガレンジャー。メガシルバーが必殺技を決めるが、何とカマキリネジラーはまだ生きていた！

久保田から呼び出された裕作は、I.N.E.T.副長官・来島にケイタイザーを渡すよう言われる。正式な承認もなく作られたメガシルバーという存在を認めるつもりはないと言う。裕作についてきた5人が割って入るが、来島は変わらない。結局裕作は来島にケイタイザーを渡してしまうが、来島がコンドルネジラーに襲われる。

千里は学園祭のバンドコンクールにボーカルで出場することになっていた。一方、カナリアネジラーはトリカエッコビームでメガレンジャーの能力を奪おうとしていた。だが、メガレンジャーとの戦いの中でカナリアネジラーの放ったビームはメガイエローの喉に当たり、千里の声はカナリアネジラーのオヤジ声になってしまう。

5人がネジレ反応があった現場に到着すると、メガレンジャーの姿をした5人が暴れていた。その正体は、邪電戦隊ネジレンジャー。久保田博士によるとネジレンジャーのスーツは、久保田の元同僚・鮫島が開発したものに似ているという。一方、デスネジロではネジレンジャーがメガレンジャーの通信パターンを手に入れていた。

健太がゲームセンターで遊んでいると、デジタイザーが鳴り響いた。慌てて飛び出す健太だったが、街中なので変身する場所がないと、場所を探す。一方、お金を入れたのに撮影ができなかった女の子の前に、プリントシールが出ていた。何とそこには、健太がメガレッドに変身する様子がコマ送りで写し出されていたのだ。

ふとしたことから、みくと千里の仲が険悪な関係になってしまった。一方、射撃訓練をしていたネジピンクは、様子を見ていたネジイエローに、どちらの腕が上かはっきりさせようと勝負を挑まれる。メガレンジャーのマスクを先に持ち帰った方が勝ちだというのだが……。

デスネジロではネジブルーが打倒メガブルーに異様な執念を燃やしていた。
一方、瞬はこれまでの戦いをもとにネジレンジャー対策を考えていた。同色の相手をターゲットとするネジレンジャーに対し、違う色の敵を相手にすれば戸惑うのではないかと言う。
街にネジレンジャーが現れ、メガレンジャーが出動するのだが……。

ネジレンジャーが倒され、焦りを見せるDr.ヒネラー。そこで生き残りのネジレンジャー3人は、これまでの戦いで集めた体型や音声パターンのデータからメガレンジャー5人の正体を暴く作戦を立てる。そして、
ネジレンジャーの3人は人間の姿に変身し、街を徘徊し始めた。一方、みくはクリスマスの買い物に街に出ていた。

I.N.E.T.ではメガボイジャーの探索が続けられていた。ようやく朝日岳山中にボイジャーマシンを発見するが、裕作は罠ではないかと疑う。デジタンクで地中からした接近した5人はボイジャーマシンに乗り込み、合体してメガボイジャーになるが、メガボイジャーにはネジイエローが取り憑いていた。

左手首にデジタイザーがないことに気付いた健太。街中を探し回ってもどうしても見つからない。一方、デジ研では耕一郎の指揮のもとで大掃除が行なわれていた。サイバースライダーやドリルセイバーなどの武器が隠されているのを発見して怒る耕一郎。さらに、続けて見つかった写真には武器に囲まれた笑顔の健太が写っていた。

初詣に来た5人は、そこでクラスメイトのシンタロウとジロウに会った。突然、耕一郎に家庭教師を依頼するシンタロウ。健太はすっかり忘れていたが、劣等生のシンタロウ、ジロウと健太は翌日追試を控えていたのだ。耕一郎はその申し出を快く引き受け、劣等生3人は耕一郎に勉強を教わることになったのだが……。

暴れている巨大マボロシネジラーを前に、メガレンジャーはメガボイジャーで対峙するが、マボロシネジラーは姿を消してしまう。次の瞬間、福岡に姿を現すマボロシネジラー。5人は結局、ワープ能力を使うマボロシネジラーを取り逃してしまう。翌日、国外脱出のためのチャーター船の第一便が出航するが、消息を絶ってしまう。

耕一郎と千里の第一志望校入試の日、街でのんびりしていた健太、瞬、みくは人々を襲うテンソウネジラーに3人で立ち向かうが、テンソウネジラーの光線によって姿を消してしまう。
一方、午前中の試験を終えた耕一郎と千里。午後の試験に向けてもうひと頑張りというところで、無常にもデジタイザーが鳴り響いた。

ヒネラーシティ発見の連絡を受け、出動するメガレンジャー。ヒネラータワーでは、さらわれた人間たちがスキャニング光線でカードにされていた。5人はヒネラータワーに侵入するが、メガピンクがスキャニング光線を浴びてしまう。ヒネラーは人類をデータ化し、プログラムし直すことで、自分の望む世界を作ろうとしていた。

ヒネラーシティにさらわれていたクラスメイトが戻り、健太たちの3年A組も久しぶりに全員が揃っていた。そこに不気味な学生が現れ、健太に向かって突進してくる。その正体はジゴクネジラーだった。皆の前で変身することに逡巡しているうちに黒岩先生が怪我を負ってしまい、5人は皆の前で遂にメガレンジャーに変身する。

居場所を失い、廃屋にひそむ5人。卒業式は2日後に迫っていた。一方、メガレンジャーの基地を探すシボレナは、人間に化けてデジ研の部室に侵入。基地が月面にあることを突き止めていた。それを聞いたユガンデは、命を落としかねないほど強力なネジリアクターで自分を最強の戦士に改造するよう、シボレナに懇願するが……。

ユガンデとシボレナをメガレンジャーに倒されたDr.ヒネラーの怒りは狂気の域に達していた。一方、メガレンジャーの5人は卒業式の日を迎えていた。大破したギャラクシーメガの周りに大勢の一般市民が集まるが、そこに突然爆発音が鳴り響く。見ると、逃げ惑う人々の向こうから、異形の怪人がゆっくりと姿を現わした。