エージェント・オブ・シールド

アベンジャーズの戦いで死んだと思われていたエージェント・コールソンが復職。彼は自らが選んだ精鋭エージェントたちで特別チームを作り行動していく。そんな中、ある爆発したビルの最上階から飛び降りて女性を救出した男の映像が公開されるが、映像の中の男が無傷であることから、シールド・メンバーはその謎の男の捜索に行く。一方、動画を公開した「ライジング・タイド」という組織の女性スカイを拘束するが、彼女は謎の男に連れ去られてしまう。謎の男はヒーローなのか、それとも・・・。

コード「084」と呼ばれる未確認物体を発見、シールドは調査の為ペルーの遺跡に向かう。現地で反政府ゲリラに襲われるが、コールソンは昔の相棒であるカミラ・レイエス少佐の率いる憲兵隊に助けられ、無事に未確認物体を確保する。未確認物体とは、四次元キューブを利用した強力な武器のようであった。コールソンたちはカミラたちと共に、彼らの専用飛行機（通称バス）で未確認物体を搬送するが、上空3万メートルにて飛行機内でトラブルが発生する。

トップ・シークレットであるホール博士を護送中、謎の重力異常が発生し護送車が横転、博士が何者かに捕らわれるというアクシデントが発生する。コールソンたちは、博士を捕らえた男は、世界中の鉱物資源を採掘している大富豪のクインと突き止め、彼のアジトがあるマルタに行く。クインは、幻の元素といわれるグラヴィトニウムを集め、博士の能力で改良しこの世の重力を操ろうとしていた。

スウェーデンで衆人環視の中、ダイヤモンドが強奪される。世界各地でダイヤの強奪が続いており、超能力を持つ人間による犯行ではないかと疑うシールドが捜査に向かう。コールソンは教え子であった元女性エージェント、アマドールの犯行と突き止めるが、彼女は以前と様子が変わっていた。

香港でマジシャンが誘拐される。彼はシールドの管理下に置かれていた人物で、人体発火の特殊能力の持ち主であった。彼は花のドレスの女に連れ去られ、彼女が務めている謎の組織から特殊能力をさらに増幅させることができる血清を打たれる。一方、コールソンたちは、シールドの情報が「ライジング・タイド」のハッカーから漏れたことを知りスカイは疑いをかけられることに。

アメリカで空中に浮かび上がり、人体に電気が抜けて死ぬという現象が発生。同様のケースで死んだと思われる人々を探ると、アベンジャーズのニューヨーク決戦の後を処理した消防団のメンバーたちであることが発覚する。まだ死んでいないメンバーを訪ねると、そこには宇宙からの来た「チタウリ」のマスクが残されていたが・・・。調査していたシモンズや仲間たちにも、死の危険が及ぼうとしていた。

シールドの作戦基地のひとつ「ハブ」から、ある極秘任務が告げられエージェントのウォードとフィッツが敵地へ潜入する。彼らには知らされていないが、それは死と隣合せの危険な任務であった。この任務の内容はレベル7以上の極秘事項であり、何も知らされていないスカイとシモンズは、二人をサポートするべくハブに潜入し任務内容を確認しようと動くが・・・。

ソーがロンドンでの戦いから去った後、シールドのメンバーたちは現場の後処理をしていた。そんな中、自然公園で古くからある大木が倒され、中から北欧神話にある金属棒のような謎の痕跡が見つかる。コールソンたちは、北欧神話に詳しいスペインにいるランドルフ教授を訪ね、謎の金属棒について調査を始めると、あるカルト集団が関係していることが発覚する。

実験場で爆発火災により数人が犠牲となる事件が発生。現場で生き残った女性科学者の周りで奇妙な物体移動現象が起きはじめ、彼女はテレキネシス（念動力）能力のある超能力者扱いをされてしまう。シールドは彼女を調べるため、確保し隔離する中、飛行機の電源が落ちる現象が発生し航行困難になってしまう。

刑務所から重要人物であるポーが連れ去れる事件が発生。監視カメラを確認すると、連れ去ったのは超人的な強さを持った３人の兵士たちであったが、彼らの腕にはムカデが付いていた。改造兵士たちのアジトを発見すると、シールド本部からマイク・ピーターソンが送り込まれコールソンたちとともに潜入捜査に向かうが・・・。

謎の組織に捕らえられてしまったコールソンを、ウォードやメイはチームを離れて救出に向かう。この謎の組織は、コールソンの失った記憶を取り戻そうとするべく人体実験をしようとするが・・・。タヒチでの静養は本当の記憶なのか、過去の謎が明らかになるのか？誰がコールソンの記憶を欲しがるのか？

シールドの養成学校、アカデミーで、プールが一瞬にして凍る事件が発生。卒業生であるフィッツとシモンズがアカデミーに呼ばれていた為、事件の捜査にかかる。フィッツとシモンズは、トップの成績で卒業した超エリートでアカデミー内でも生徒から憧れの存在となっていた。一方、コールソンとメイは、メキシコでスカイの生い立ちを探っていると、重要な情報を得る。

イタリアでクインがサイバーテック社の高価な品物を購入したとの情報を得、受渡しの現場である列車に乗り込むが、相手の攻撃に会いチームは分裂してしまう。スカイはクインの隠れ家に単身で捜索にいくと、そこにはマイク・ピーターソンがいた。マイクはサイバーテック社の義足を使い、半身サイボーグの超人となっていたのだ。そしてスカイはクインに捕えられえてしまうが・・・。スタン・リーがカメオ出演。

クインに銃で撃たれ重傷のスカイ。打つ手がなく死を待つのみとなったが、コールソンは、スカイを死の淵から救う何かしらの方法を探しだそうとする。一方、捕えたクインの引き渡しに、エージェントのギャレットとトリプレットが飛行機に乗り込んでくる。ギャレットは、コールソンの友人でウォードの元上司であった。そして、コールソンはシールドの秘密基地のひとつゲストハウスへ乗りこむのだが。

巨大なエネルギー波がアメリカネバタ州上空で検知される。ソーが来た時と同様な現象からチームは調査に入る。現地に向かうと、光の中からひとりの女性が現れる。以前、地球に来たアスガルド人の女戦士シフであった。シフはローレライという女がアスガルドの監獄から脱獄し、地球に逃げたので追ってきたのであった。そしてシフは、ローレライはかつて男を操って世界を混乱に陥れた危険な能力のある女であると言い、シールドと共に捜索を開始する。

最大の敵であるクレアボヤントを捕まえるべくシールドのエージェントたちの各チームが一斉に捜索を開始。そしてついに、車イスに乗ったその男を見つけ出す。一方、メイは飛行機の中で、暗号化回線を使い何者かと会話をしていたことが発覚し、コールソンはメイが敵とつながりがあると疑う。

エージェント・ハンドはコールソンが敵と疑い飛行機をハブへ強制送還させるべく動く。コールソンはハンドを疑うが、その時、ヒドラの復活の知らせを受ける。シールド内部にヒドラの残党がいて、一気に反乱を起こしたのだ。コールソンは、メイが使っていたフューリー長官への回線を使い、彼とコンタクトを取ろうとするが、長官は死んだとの報告を受ける。

シールドはヒドラによって壊滅状態となったが、コールソンは長官からのメッセージを発見しある場所へ行く。そこにはシールドの中でも知られていない長官の秘密基地、通称プロヴィデンスがあった。一方、シールドの収容所フリッジもヒドラたちによって解放されて、囚人たちや数々の貴重な物品が奪われてしまう。

収容所内から逃げ出した特殊能力者ダニエルズが、以前ストーカーしていた女性のもとへ行くと予測しコールソンたちは捕獲に向かう。その女性オードリーは、チェリストでコールソンのかつての恋人であった。一方、プロヴィデンスにいるメイは、コールソンの信用を得られないと思い、自ら基地を出ていく。

メイはマリア・ヒルにコールソンを助けるよう説得し、秘密基地へ向かわせる。ヒルは、コールソンに投降するように呼びかけるが、逆にヒルを説得しヒドラとの戦いへの協力を依頼する。

ボゴタで超人により麻薬王が殺される。犯人はマイク・ピーターソンであり、コールソンは、ヒドラとのつながりがサイバーテック社にあると推測し潜入を図る。一方、ヒドラはシールドから手に入れた極秘データファイルから、特殊血清GH325の開発をする。

キューバにあるヒドラのアジトからニューメキシコへ移動したコールソンたちは、サイバーテック社の超人兵器の製造工場へ乗り込み、ヒドラとの戦いに決着を図る。そして、ついに組織を裏切ったギャレットと戦う。シールドは崩壊するのか？そしてコールソンたちの未来はどうなるのか？