Wir befinden uns in der Gedankenwelt von Lee (Mos Def): Nach einem Fahrradunfall in New York wacht er auf und kann sich weder bewegen noch äußern. Aus seiner subjektiven Perspektive hören wir seine Gedanken. House liegt, durch einen Motorradunfall verletzt, im Krankenbett neben ihm. Er wird auf Lee aufmerksam, als dessen Arzt ihn als hirntot abschreibt und seine Organe zur Transplantation freigeben will. House hingegen ist überzeugt, dass Lee ganz und gar nicht hirntot ist, sondern unter dem Locked-In-Syndrom des "Eingeschlossenseins" leidet: er ist bei vollem Bewusstsein, kann sich aber nicht mitteilen. House entwickelt ein System, um mit Lee in Verbindung zu treten: Er soll für "nein" einmal und für "ja" zweimal blinzeln. Fasziniert von dem Fall versucht House herauszufinden, was Lees Zustand verursacht hat. Der zuständige Arzt hält davon nicht viel. House lässt Lee ins Princeton-Plainsboro überführen, wo das Team bereit steht, um Lees Leben zu retten. Während wir mehr über Lee und seine Familie erfahren, sehen wir auch House und sein Team aus Lees Perspektive und bekommen so einen Einblick in ihre undurchsichtigen Beziehungen. Mit fortschreitetender Erkrankung verliert Lee auch noch seine Fähigkeit zu blinzeln. Das Team muss sich auf der Suche nach dem Schlüssel zur Lösung beeilen. Unterdessen glaubt Wilson, dass House etwas vor ihm verbirgt, da dieser nicht damit herausrücken will, warum er in New York war, als der Motorradunfall passierte.