NARUTO‐ナルト‐

こっそり里を去ろうとするサクラ。彼女の決意に気づいていたナルトは、病室を抜け出してサクラを追いかける。「止めてもムダよ」と言うサクラに、「オレもいっしょに行く」と告げるナルト。そんな2人の前に自来也が現れ、「サスケが連れ去られた田ノ国（たのくに）を調査し報告せよ」との任務が下ったと言う。

宿場町で情報を集めるナルトたち。いかがわしい店に入りびたる自来也を残し、町外れに向かったナルトとサクラは、ケガを負い何者かに追われる少女・ササメと出会う。一方自来也は、ホステスから音隠れの里の噂に詳しい人物がいると聞き路地裏へ。そこへ突然、盗賊に身を落とした忍者・ハンザキが襲いかかってきた。

「ふうま一族」のカミキリ、ジグモ、カゲロウに襲われるナルト、サクラ、ササメ。そこに自来也が参戦。劣勢だと考えたカミキリたちはまたたく間に逃げ去るのだった。ササメの案内で一同は大蛇丸のアジトがある音隠れの里の入り口へ到着した。はりきって先を急ごうとするナルトたちだが……。

大蛇丸のアジトを進むナルト、サクラ、自来也。三差路に行き当たった3人は、二手に分かれることに。自来也と別れたナルトとサクラは、様々な仕掛けが待ち受ける通路を進んでいく。途中、サクラをかばったナルトが落とし穴に落下してしまうが「必ず追いつく！」というナルトの言葉を信じ、サクラはひとり先を急ぐ。

追いつめられたサクラにカブトのクナイが振りおろされようとしたとき、やっとのことでナルトがかけつけた。ナルトは影分身でカブトを翻弄するが、カブトは火遁の術で応戦、分身たちを消し去る。しかし、ついにナルトの螺旋丸がカブトをとらえた。サスケの居場所を問い詰めるナルトだが、カブトは不敵に微笑む。

ジグモ、カミキリと融合し、不気味な姿に変貌したササメの従兄・アラシ。「昔のアラシはもう死んだ」と言うアラシがサクラに襲い掛かる。サクラをかばいアラシの攻撃を受けてしまうナルト。ケガをおして戦うが、しだいに追いつめられていく。ついにアラシはふうま一族の中でも代々の長しか使えないという秘術を繰り出す。

自来也の任務についていくことができずにふてくされるナルト。自来也はそんなナルトに「留守の間の特別な自主トレだ」と巻物を渡す。その頃、重罪人を収容する「木ノ葉厳重警戒施設」に収容されていたミズキがフウジン、ライジンの兄弟とともに脱獄する。

綱手の忍豚トントンの嗅覚をたよりに、脱獄したミズキとフウジン、ライジンを追いかけるシズネたち。ミズキの脱獄事件に大蛇丸がからんでいると考えるナルトは綱手に詰め寄る。そこへトントンが戻ってきた。必死なトントンの様子からシズネたちの危機を察知したナルトは、綱手の制止も聞かずに飛び出す。

イルカと忍犬・パックンとともにミズキたちを追うナルト。愚鈍ながら怪力の持ち主であるフウジン、ライジンにはナルトの攻撃が通用しない。一方イルカは、友人であったミズキを説得していた。だがミズキはイルカの言葉を聞き入れず、本気でイルカを倒そうとするのだった。

フウジン、ライジンに手こずるナルトのもとに、シカマル、いの、チョウジがやって来た。フウジン、ライジンの動きをシカマルが影真似の術で止めている間に、いのが心転身の術で一方に乗りうつり、チョウジが別の一方に組みつく。こうして鉄壁の「フォーメーション・いのシカチョウ」を完成させたはずだったが……。

ナルトたちが出会ったミズキの婚約者・椿（つばき）は、「ミズキを引きとめるため一緒に連れていってほしい」と願い出る。以前ミズキは「大蛇丸の力を手に入れて彼のもとに行く」と語っていたことがあったというのだ。その頃、奈良一族の鹿牧場にある薬学研究室に現れたミズキは、研究員たちを襲うと薬剤を盗んで逃走する。

ミズキが放つチャクラの質とパワーにナルトとイルカは圧倒される。ナルトは影分身の術で立ち向かうがミズキに一蹴されてしまうのだった。ナルトを守るために戦うイルカ。激しい戦いの中、ミズキの体に異変が起きる。一方、フウジン、ライジンのパワーに押され気味のシカマルたちの元に現れたのは!?

綱手のもとをたずねたキバ、シノ、ヒナタ。「幻の虫「微香虫（びこうちゅう）」を使ってサスケを探すというアイディアを伝えるためだった。微香虫とは、忍犬の数千倍もの嗅覚を持つ虫で、匂いの元をどこまでも追っていく。キバ、シノ、ヒナタの3人と話を聞きつけたナルトは綱手からの命令で微香虫探しを始める。

微香虫を探すため、キバ、シノ、ヒナタそしてナルトは様々な虫たちが住む窪地を訪れた。写真を手がかりに微香虫を探す一行だが、虫の種類の違いがわからないナルトはまったく違う虫を見つけてはシノたちにダメ出しされる。そんなナルトたちの様子を陰からうかがう者たちがいた。

虫遣いの一族「上水流（かみずる）一族」のスズメバチたちにヒナタがさらわれてしまった。彼らはさまざまな禁術を記した初代の秘伝書を探すため微香虫の優れた追尾力を手に入れようとしていた。スズメバチは、ナルトらが捕まえた微香虫と、人質にしたヒナタとの交換を要求する。

スズメバチによって、ナルト、キバ、シノは女王蜂の巣に追いこまれた。蜜蝋に固められて、ナルトたちは身動きがとれなくなってしまう。しかしシノは「ヒナタとのひきかえでないと微香虫を渡せない」と宣言する。スズメバチは仕方なくシノの要求を飲むことにし、一同はヒナタが捕らえられているという場所にむかうが…。

川の国有数の鉱山であるカタバミ金山では、「黒鍬（くろすき）ファミリー」と名乗るならず者が入り込んでいた。綱手は、ナルト、リー、ネジ、テンテンに「黒鍬ファミリーを排除せよ」と命じる。シンプルな任務に思われたが、ファミリーのボス・雷牙（らいが）は、霧隠れの「忍刀七人衆」のひとりだという噂があった。

カタバミ金山の墓場に生き埋めにされた仲間を掘り返すロクスケ。しかし黒鍬ファミリーに捕われてしまう。「おまえの葬式を出してやる」とロクスケに宣言する雷牙。雷牙は何故か「葬式」にこだわり、村人たちを殺してきた。一方ナルトは、鉱山で労働者たちにいばりちらす黒鍬ファミリーに怒りをおさえられないでいた。

「霧隠れの術」でカタバミ金山にひそみ、ナルト、ネジ、リー、テンテンの様子を探る雷牙と蘭丸（らんまる）。ネジが白眼を用いても彼らの姿は見破れず、雷牙の「雷葬（らいそう）・いかづちの宴」をもろにうけ倒されてしまう。とどめを刺そうとする雷牙。ところが気を失っていたはずのリーが素早いキックで応じた!?

雷牙が倒れ、黒鍬ファミリーが退散したカタバミ金山には平和が訪れたかのように見えた。しかしリーの恩人・山椒（さんしょう）ばあさんのもとに連れて帰るはずの彼女の息子・芥子（からし）は何かをたくらんでいる表情。やがて途中のガケの上にひそんでいた黒鍬ファミリーが大岩を落としてナルトたちに奇襲をかけてきた。

雷牙を蘇らせた蘭丸は、力尽き、死んだようにその場に横たわっていた。それを見て絶望した雷牙は、やり場のない怒りと悲しみに大暴れする。そんな雷牙を止めようと応戦するテンテン。苦戦の末、何とか攻撃を避けたテンテンは瀕死の蘭丸を救出して山椒ばあさんの家に向かうのだった。

雷牙を相手に奮闘していたリーだが、ついに雷牙の術に倒れてしまう。山椒ばあさん、芥子、蘭丸とともに雷峠にむかって走っていたテンテンは、気絶しているリーを発見。山椒ばあさんの「生命（いのち）のカレー」が絶体絶命のピンチを救った。そして、雷牙の前に姿を現した蘭丸は……。

忍者学校で、卒業生を班長に生徒たちが班を組む野外演習が行われることになった。ナルトは木ノ葉丸、モエギ、ウドンを率いる班長に選ばれる。目指すは「タクラミ山」のてっぺんの「ワルダクミ大岩」。演習は「教官たちがしかけるワナをうまくよけ、隠された秘密文書を持ち帰る」という安全なもののはずだった。

網手の指令で、「茶の国」の大名の茶壷を盗んだ男・五寸釘（ごすんくぎ）をつかまえることになったナルト、ヒナタ、キバと赤丸は、五寸釘が潜伏しているという「石の国」で聞きこみを始める。ところが入った酒場で客にからまれてしまう。その騒ぎをおさめてくれたのは、悪人をつかまえて賞金をかせぐ男・サザナミだった。

傷ついたサザナミを看病するナルトたち。意識を取り戻したサザナミは、悪党・五寸釘との因縁を語りはじめる。サザナミはかつて平凡な「刀鍛冶」だった。ところがそんなサザナミに罪をかぶせ逃亡した真犯人こそ五寸釘だったのだ。自分の手で五寸釘をとらえ無実を証明したいサザナミだったが……。