Alors que Mulder repose en neurologie, le cerveau bombardé d'impulsions électriques mortelles, Scully essaie de déchiffrer les symboles sur le vaisseau spatial découvert immergé au large de la Côte d'Ivoire. Le lien entre les deux phénomènes est le premier des nombreux défis que devront relever ces deux agents. Ils vivent des moments décisifs. Pour Mulder, les recherches pour retrouver sa sœur disparue touchent à leur fin. Pour Scully, c’est le retour de Donnie Pfaster, fétichiste de la mort.