Nachdem Beckett und Castle Dr. Blakely aufgespürt haben, den Entdecker der Auslöser-Theorie, wird er vor ihren Augen erschossen und sie selbst in ihrem Wagen von einem schwarzen SUV in den Hudson River gestoßen. Castle gelingt es in letzter Sekunde, Becketts Waffe im sinkenden Fahrzeug zu finden, und sie können sich gerade noch vor dem Ertrinken retten. Kurz darauf tauchen Sophia Turner und Martin Danberg von der CIA auf, machen den beiden heftige Vorwürfe und schließen sie von den weiteren Ermittlungen aus. Beckett hält aber daran fest, die von Thomas Gage begangenen Morde aufzuklären, und ermittelt weiter mit ihrem Team. Allerdings macht ihr jetzt Captain Gates Ärger, weil sie sich nicht damit abfindet, dass Beckett wegen der ihr auferlegten Geheimhaltung nicht damit rausrückt, warum ihr Dienstwagen jetzt auf dem Grund des Hudson liegt. Dann erhält Castle unerwarteten Besuch von Sophia, die ihn und Beckett nun doch wieder im Team haben will. Als er und Beckett kurz darauf von Gage entführt werden, der ihnen versichert, dass er keinen der ihm zu Last gelegten Morde begangen hat und von seinen eigenen CIA Leuten reingelegt wurde, werden sie von Sophia und ihren Leuten befreit, die Gage bezichtigen, ein Maulwurf zu sein, der das Projekt 'Pandora' durchziehen will. Nach dem ersten Verhör wird Gage aber erschossen im Verhörraum aufgefunden, was zu der Erkenntnis führt, dass jemand anderer der Maulwurf ist, der durch ein perfides Attentat einen dritten Weltkrieg auslösen will. Jetzt deutet alles auf Agent Danberg als Maulwurf hin, der aber fliehen kann und von Sophia, Beckett und Castle verfolgt wird, die versuchen, den Mord an der Tochter eines extrem einflussreichen chinesischen Geschäftsmanns zu verhindern, der laut der Theorie von Dr. Blakely der Auslöser für den dritten Weltkrieg sein würde. Bei dieser Rettungsaktion müssen Beckett und Castle allerdings feststellen, dass nicht Danberg, sondern Castles erste Muse Sophia der CIA-Maulwurf ist und dass die sie auch umbringen will.