X-ファイル (字幕版)

Xファイル課オフィスが焼失して数ヶ月後。モルダーとスカリーは正式に担当を外され、代わってジェフリー・スペンダーとダイアナ・フォーリーがXファイル課に配属された。密かにモルダーらを見守るスキナーは、モルダーにある最新のXファイルを託す。それに従い、密かにフェニックスに飛んだモルダーとスカリーは事件の現場を訪れた。正体不明の生物によって2人の男が惨殺された家には、人間のものとは思えない爪跡が残されていた。事件の謎を追う彼らの前にジェフリーとダイアナが立ち塞がる。さらに2人は意外な人物に再会することになった。かつてエルダーズに誘拐され行方不明になっていたチェスの天才少年ギブソンが、助けを求め現れたのだ。

互いの人格が入れ替わってしまったモルダーとモリス。この異常現象は、エリア51でテスト飛行中だったある機体が墜落事故を起こした影響で発生したものだった。エリアの情報提供者から墜落した機体のフライトレコーダーを入手したスカリーは、ローン・ガンメンと共にその分析を急ぐ。モルダーは元の肉体に戻る術を探るが、一方のモリスはFBI捜査官モルダーとしての生活を満喫していた。やがてスカリーは、エリア51で想像を絶する極超音速機の飛行実験が行なわれていることをつきとめる。果たしてモルダーを元の肉体に戻すことはできるのか。そして内通者の真の目的とは？

西経64度西南西、サルガッソー海海上。嵐にあい遭難したモルダーは大型客船に救助される。しかし船長を始め乗組員たちの態度は冷たいものだった。モルダーをドイツ兵呼ばわりし、まるで捕虜のように扱う船長たち。モルダーはすぐに事情を察する。彼を助けた船の名はクイーン・アン号、1937年にバミューダ海域で消患を絶った英国船籍の豪華客船だった。モルダーはクイーン・アン号が魔の三角地帯と呼ばれる海域で時空の裂け目に落ち込み、突如現代に出現したのだと推測する。無線で外部と連絡を取ろうとするモルダーだったが、無線から聞こえてきたのは英国からドイツに向けた宣戦布告だった。

モルダーとスカリーは謎の人物から情報提供を受け、ネバダ州呆地の米空軍テスト飛行地に向かう。グルームレーク、エリア51。その場所こそ、50年間UFOテクノロジーの研究が行なわれ続けている場所だというのである。モルダーたちは軍関係者に強制退去を命じられる。しかしその場で信じられないことが起きた。飛行場から飛び立ったUFOらしき機体が目撃されたのである。モルダーは衆人の目の前で動かぬ証拠を得たと確信する。ところがモルダー以外の人間はUFOを見た記憶を失っていた。しかもモルダーの精神は軍関係者の一人モリスの精神と入れ替わり、モリスの肉体に宿ってしまった。

全ては消失した時間に起きていた。モルダーは自分の体を取り戻せるのか?!エリア51でモルダーとモリスの人格が入れ替わってしまう。これは、エリア51上空でテスト飛行中だった機体が墜落事故を起こしたせいで発生した超常現象だった。スカリーは、現地の情報提供者から墜落機のフライトレコーダーを入手し、ローン・ガンメンと分析を急ぐ。モルダーは元の体に戻ろうと懸命になるが、モリスは“FBI捜査官モルダー”としての生活を満喫する。やがてスカリーは、エリア51で想像を遥かに越えた極超音速機の飛行実験が実施されている事態を突き止める。スカリーはモルダーを元の体に戻すことはできるのか。そして内通者の真の目的とは一体何なのか？

イブの夜、クリスマスの準備に忙殺されていたスカリーは、モルダーに突然呼び出された。メリーランド州のある屋敷に、19世紀初めクリスマスイブの夜に心中した若い男女の幽霊が出るというのだ。やむなくモルダーにつきあうスカリー。屋敷に入ると玄関の扉がひとりでに閉じ、二人は中に閉じ込められてしまう。無人の屋敷にはいつのまにか灯が点り、暖炉からは煙がくすぶっていた。モルダーによれば、屋敷では80年間に3組もの男女が心中しているという。二人は床下から一組の男女の死体を発見。互いを撃ち合って究んだと思われる死骸は、モルダーとスカリーとまったく同じ服装をしていた……。

ウェインとローラは第1子の誕生を間近にひかえた夫婦だった。ある夜、ローラの胎内から胎児が抜き取られるという怪事件が起こった。ローラは直前に、二本の角の生えた怪物に赤ん坊を奪われる悪夢を見たという。病院の超音波検査により、胎児には脊椎上部及び頭部に骨状の形成物が発達していることが確認されていた。モルダーはスカリーにカルテの鑑定を依頼する。スカリーは母親が幻覚を伴う陣痛誘発剤を飲んでいたことを突き止めた。妊娠第三期堕胎罪により母親を告発するべきだというスカリー。しかしモルダーは父ウェインがある理由から胎児を堕胎させたのではないかと考える。

カンザス州クロナー付近は長い間異常気象に悩まされていた。町長に招かれたモルダーとスカリーは原因究明の為、クロナーに降り立つ。町長の話によると、町には「レイン・キング」と名乗る男がいて、気象を自在に操るという。最近の干ばつはその男が引き起こしているというのである。男は干ばつの起きている場所で雨乞いし、農家から礼金をもらって荒稼ぎしていた。モルダーらは地元のテレビ局に勤めるシーラという女性と、天気予報士のホーマンに出会う。モルダーは過去の記録を探るうちに大きな異常気象が全てシーラの周囲で起こっていることに気づき、真の「レイン・キング」が誰であるか悟る。

ある晩、スキナー副長官がボクシングジムでのスパーリング中に倒れた。医師に異常なしと診断されたものの、容体は急激に悪化。たまたまその場に居合わせたモルダーはスカリーに応援を頼む。スキナーは何者かに毒物を注入された疑いが強い。最近スキナーはS.R.819という基金設立案の法案審査を手がけていた。法案を巡って何者かがスキナーを暗殺しようとしたのだと推測したモルダーは関係者を追う。一方スカリーはスキナーの体を蝕んでいるのが純粋炭素であり、それが急激に増殖・凝固して、血管を詰まらせていると診断。彼の命は24時間しかもたない。二人はスキナーを救えるのか。

Xファイル担当を外されて以来、モルダーとスカリーはカーシュ副長官の元で政府への就職希望者に対する身元調査をやらされていた。そんなある日、スカリーはカーシュに呼び出される。そこには、ある事件を携えニューヨーク支局からやってきたリッター捜査官が同席していた。リッターは過去の犯行現場写真を整理しているうち、中に報告書に書かれた通報時間より早い時刻に撮られた写真が混じっているのに気づいたという。スカリーはカーシユにリッターへの協力を命じられる。それは閑職に追いやられ、将来の可能性を失っていたスカリーに与えられた最後のチャンスだった。

ヴァージニア州ポトマック操車場で焼死体が集団で発見された。生存者は瀕死の壮年男性と無傷の中年女性の二人だけであった。女性が発見された車輌内では何らかの手術が行なわれていたらしい。Xファイル課のジェフリー・スペンダーは、女性が失踪中の母カサンドラであることを知り、現場に急行する。しかしカサンドラは息子には何も語らず、モルダーとの面会を希望した。カサンドラはモルダーとスカリーに向かい、自分を巻き込んだ陰謀について語り出す。米国政府は極秘裡に異星人と人類の交配を行なっており、自分は第一号の成功例だというのだ。陰謀の唯一の証人である彼女に危険が迫る。

1973年10月。異星人「コロニスト」の地球侵攻計画を知った当時の米国務省メンバーは徹底交戦を避け、彼らに人質を差し出した。異星人と人類のハイブリッド計画を実行する為である。それから25年、ハイブリッド第1号カサンドラの完成により、事態は大きく動き出そうとしていた。力サンドラを「コロニスト」に差し出し、あくまで服従を守ろうとするエルダーズ。一方「コロニスト」に対抗する異星人勢力「反乱軍」がカサンドラを狙っていた。ジェフリーは母カサンドラを救う為、父シガレット・スモーキング・マンと決別する。モルダーとスカリーはジェフリーの協力を得て、カサンドラ救出に向かうのだった。しかし……。

フロリダ州グッドランドにハリケーンが接近していた。嵐の最中、デールズ老人は友人のサラ・シプリーから奇妙な電話をもらい、旧知のモルダーに助けを求める。電話の内容は夫のジャックが「吸盤を持った触手のようなものに襲われている」というものだった。デールズはジャックを襲ったのは未知の海洋生物ではないかと考えていた。モルダー、そして半信半疑のスカリーはシプリー宅へと乗り込む。しかし家の中には誰の姿も見当たらず、所々にねばねばした液体が付着していた。嵐で帰路を絶たれたモルダーたちは、何物かに襲われ瀕死の副保安官を発見する。彼の体内には未知の生物が寄生していた。

その朝、目覚めたモルダーは部屋が水浸しになっているのに気がついた。ウォーターベッドが破けて水が漏れだしていたのである。腕時計も携帯電話も水につかり、会議には遅刻、おまけに階下へ弁償する為に大至急銀行に給料を振り込まなければならない。モルダーは近くの銀行に向かう。その彼を密かに見守る女性がいた。女性の名はパム。彼女は銀行を訪れた直後にモルダーが銀行強盗に巻き込まれ、爆死することを知っていた。パムは月曜の朝のある時間を繰り返し生きており、同じ惨劇を何度も体験していたあのだ。やがてモルダーはパムの存在に気づき、繰り返される悲劇を回避しようとする。

サンディエゴにある集団住宅「アルカディア」は、常に州内の優良住宅地トップ5に選ばれるほど環境の良い地区として知られていた。住民は契約で厳しい規則を守ることを義務づけられ、それによって町の美観が保たれているという。そこの住民であるクライン夫妻が、ある晩突然失踪した。隣人は失踪当夜に不審な点はなかったと証言する。その7ヵ月後。空家になっていたクライン宅にペトリーと名乗る若い夫婦が越してきた。彼らはすぐ隣人たちとなじんだように見えたが、その正体は「アルカディア」で相次いでいる失踪事件を調査する為に潜入したモルダーとスカリーだった。

香港からサン・ペドロに入港した貨物船のコンテナの中で、船員が変死しているのが見つかる。死因は大型動物による咬み傷であると判明、だがコンテナは外から施錠されていた。積み荷はワンシャン・ドールと呼ばれる貴重な犬であったというが、コンテナにも船内にも犬の姿は見当たらない。ワンシャン・ドールとは150年前に絶滅したといわれるアジアの犬で、未知動物学者のデッドワイラーが捕獲したものだった。モルダーはイヌ科動物の権威、力レン・バークイストに協力を依頼する。2人はインターネットを通じて知り合った旧知の仲だったが、初対面の力レンはなぜかモルダーにそっけなかった。

ミシシッピー州ジャスパー郡の州立刑務所を大規模な竜巻が襲った。竜巻が去った後、所長のR・フェローズが死んでいるのが職員によって発見される。遺体は腹部で真っ二つに切断され、切断面は焼け焦げ炭化していた。現場には血液の流れた跡がなく、殺人の痕跡は見当たらない。しかし職員は犯人の心当たりがあるという。その人物とは囚人のW・P・ロールズ、竜巻の直前に所長によって営倉に監禁され、所長に恨みを抱いていた。竜巻の通過後、営倉は破壊され、ロールズは行方不明だという。モルダーはロールズが生きており、竜巻のせいで何らかの特殊能力を身に付けたのだと確信する。

スカリーはモルダーの自宅を訪れた際、エレベーターで一人の男と一緒になった。男は作家で、最近モルダーの隣に越してきたばかりだという。スカリーたちは最近起こった連続猟奇殺人を担当していた。被害者はいずれも心臓をえぐり出され死亡しているが、外傷は一切ない。そんな中、スカリーは男からペンダントを貰う。それは心臓をモチーフにしたスペインの護符だった。男はスカリーに秘めた想いを抱いており、彼女を主人公にした小説を書き続けていた。モルダーは男が猟奇殺人に関わっているのではないかと疑惑を抱く、一方のスカリーは、男を疎みながらもなぜか惹かれるものを感じていた……。

1947年、ロズウェルで地元チームの黒人打者J.エックスリーが失踪した。当時ロズウェル署の警官だったアーサー・デールズは元FBI捜査官デールズの同名の弟で、黒人排斥組織に狙われているというエックスリーの護衛を担当していた。エックスリーは出身や名前を偽り、何者かを恐れていた。若きデールズは、やがて彼に関わる驚くべき事件に巻き込まれていく……。デールズの回想につきあっていたモルダーは、思わず彼の話を疑った。エックスリーは野球の魅力にとりつかれ、仲間の元を逃げ出したエイリツンだったというのだ。そして彼を狙っていたのはKKKより恐ろしい追手だった……。

ラスベガスでは軍需産業関係者が出席し、99年度の国防大会が行われていた。ローン・ガンマンの三人は現地に乗り込み、極秘情報をつかむ為にあれこれ手を尽くしていた。だがバイヤーズは10年前の国防大会で消息を絶ったスザンヌのことを思い出していた。そんな時、バイヤーズは思いがけずスザンヌの姿を見かける。彼女が政府に洗脳、利用されていると信じるバイヤースは、彼女を救う為に再び立ち上がる。ローン・ガンマンのオタク仲間のジョン、そしてスカリーが次々と洗脳ガスの犠牲になり、とうとうラングリーまで……。果たしてスザンヌを信じるバイヤーズの心は報われるのか。

ノース・力ロライナ州の山中で若い夫婦が行方不明になり、3日後に白骨死体となって見つかった。動物に捕食された痕跡も腐乱の形跡も見当たらず、白骨化の理由は見当もつかない。スカリーは骨の一部に粘液状の物質が付着していることに気づき、分析を進める。一方モルダーは事件の手がかりを求めて遺体の発見現場へと向かった。そこで彼が出会ったのは死んだはずの夫婦だった。二人はモルダーにエイリアンが自分たちを誘拐し、偽の死体を置いて隠蔽工作を施したのだと訴える。その頃スカリーは、粘液が胃液と同じ成分であること、また植物が持つ特別な酵素も含まれていることを突き止めていた。

コートディヴォアールから渡米した生物学者がアメリカン大学内で殺害された。犯行現場からは彼が持ち込んだ遺物の石板が紛失しており、犯人と思われるサンドス教授は謎の失踪を遂げる。彼らは共に「生物の起源は宇宙にある」とするパラスペルミア説の信奉者であり、学者の中では異端と見なされていた。一方、学部長のバーンズは異端学説の摘発者として知られており、二人を快く思っていなかった。石板の写しを解読した結果、刻まれた言語がナバホ語であることが判明する。石板はでっちあげではないかと疑うスカリー。はたして事件は学者同士の諦いが生み出した単純な殺人事件なのか。