プリズン・ブレイク (吹替版)

グレッチェンに殺されたサラの敵を討つため、グレッチェンとウィスラーの後を追いLAへとやってきたマイケル。組織の秘密を握る人物との取引でホテルに現れた2人を尾行し、彼らに銃口を突きつけるマイケルだったが、そこで衝撃的事実を告げられる。「サラは生きている」と……。後日、マホーンとウィスラーに呼び出されたマイケルは、サラの情報を教える代わりに組織を潰す計画への協力を依頼されるが全て話し終える前に、ウィスラーが銃弾に倒れる。ウィスラーが組織を裏切った可能性があるとして、彼と行動していたグレッチェンにも疑いがかかり、彼女に失望した閣下ことクランツ将軍は、彼女の始末を殺し屋に任せる。マイケルはサラの行方を追ってシカゴに戻って来るが、警官に見つかってしまう。その頃、パナマにいるリンカーンも刺客を殺し逮捕されていた。拘留されたマイケルは、国土安全保障省のセルフから兄弟の自由と引き換えに、極秘で“スキュラ”と呼ばれる組織の機密情報カードを奪うよう持ちかけられ、いったんは断るが再び命を狙われ組織と戦う決意をする。

ローランドの参加をメンバーたちは快く思わず、リンカーンとマホーンの間にも険悪な空気が流れる。だが、「今は一致団結しなくては」とのマイケルの呼びかけで、計画を優先。マホーンが見たスキュラの番人の運転手を手がかりに、番人がスペクトリアム社の最高責任者タクスホンだということを突き止める。しかし警備は鉄壁だ。マイケルは作戦を立て、サラが番人のメイドに接触、彼女のカバンにローランドが発明した3メートル圏内にあるデータをワイヤレスで読み取る携帯装置を忍ばせる。そして警備会社の人間を装ったマイケルが、電話でメイドをスキュラの側に誘導しデータコピーに成功。ところが、メイドがその装置を家に置いてきてしまったためマイケルは侵入作戦を試み、一瞬のスキをついて、なんとか装置を取り戻す。自由の身まであと一歩と喜んだのもつかの間、暗号化されたカードのコピーはごく一部で、スキュラは全部で6枚あることが判明する。その頃、組織のボス、クランツ将軍が送り込んだ殺し屋がブルースの元へ……。一方、サンディエゴに着いたティーバッグは、ウィスラーがコインロッカーに隠した資料を見つけLAを目指す。

スキュラ”は6枚のカードから構成されると聞いたセルフは、「全部を集めないと刑務所へ戻す」とマイケルに圧力をかける。しかし、セルフは上司から作戦続行が危険すぎるとして中止を言い渡されていた。そうとは知らないマイケルたちは2枚目のカードを手に入れるべく暗号の解読を進め、6人の番人全員の密会を突き止める。

マイケルが撮影した番人の密会映像から次にターゲットとすべき人物がトルコ領事であることが判明。監視をするうちに本当の番人は妻のリサの方であることがわかり、彼女が出席する警官の追悼式典へマイケルたちは変装して潜入する。しかし正体がばれそうになったリンカーンをベリックが助け、そのためにボディガードを1人殺してしまう。

マイケルたちが次に狙いを定めた番人はセルフと同じ連邦ビルで働く財務省の役人。初めはセルフに接近させるがスキュラは厳重な金庫の中に入っていてデータのコピーもままならない。そこで計画を変更し、目指す番人の隣のオフィスへ潜入し壁の裏側からドリルで金庫に穴を開けてデータを奪取する。

4番目の番人は競馬場にいた。無事にデータのコピーに成功するが装置回収の際にマホーンが警官を殴ってしまい逮捕され装置も押収されるず装置のみ回収する。マイケルはマホーン救出をあきらめて5枚目のスキュラ捜索に乗り出そうと言う。マイケルから連絡をうけたセルフはマホーンを釈放するよう警察に交渉するが、埒が明かが、仲間を切り捨てるやり方にベリックとスクレが反発する。

マイケル一行は5番目の番人を追ってラスベガスへ行く計画をしていた。そんな矢先、「金と引き換えにティーバッグの場所を教える」という電話が。マイケルたちが待ち合わせ場所に行くと実はティーバッグが待ち伏せしていて、マイケルとベリックは捕まってしまう。ティーバックはウィスラーから奪った「鳥の本」を取り出し、マイケルにスキュラのありかを探すよう脅す。

ティーバッグを影で操っていたのはグレッチェンだった！　彼女はスキュラが巨額で取引される価値を持っていることを知り、セルフに協力するフリをして取引を持ちかける。監禁拷問された記憶がまだ生々しくよみがえるサラはグレッチェンが生きていて、共に行動しなくてはならなくなったことにショックを受けていた。一方、組織本部では将軍と呼ばれる謎の権力者がスキュラを狙うマイケルたちの動きを察知しただならぬ事態に番人たちを招集していた。そして、緊急にスキュラを移動するよう命じる。

グレッチェンと組んでいるティーバッグは、コールという偽の身分証でゲート社のセールスマンに成りすましていた。「鳥の本」によると、スキュラを手に入れるためにはこのゲート社のコールの部屋から地下へ下り、トンネルを通っていくと組織の司令部へと通じているらしい。しかし、目指す地点の手前を巨大な水道管が横切っていた。マイケルは水道の制御盤に細工して断水状態にすると、水道管に穴をあけて人が通れるようなパイプを通そうとするが……。

スキュラまであと一歩と迫ったマイケルたち。「鳥の本」の最後のページを解読したところ、設計者からのメッセージがでてくる。早速マホーンが会いに行くが、そこにも組織の手が伸びており、間一髪でスキュラの設計説明書を手に逃れる。説明書によると、地下トンネルには対人地雷が埋め込まれており、その解除方法を誤ると警報がなってしまう仕組みだった。その頃、地下ではまさにその地雷をスクレが踏んで身動きがとれなくなっていた。

マホーンの機転でなんとか危機を脱すると、いよいよスキュラの保管庫が目前に。慎重に壁に穴を開け、スキュラを囲うガラスケースの前まで「橋」をかける。その「橋」を伝ってマイケルはガラスの壁まで到達するとカッターを使って中に入り、ついにスキュラを収納する黒い物体に手をかける。と、そのとたん監視カメラが作動し非常ベルが鳴り響き侵入を知った将軍は部下と共に、地下の保管庫へと急行する。

将軍は侵入者を始末すべく、ガードマンを引き連れ保管庫にかけつけるが、逆にマイケルたちに銃を突きつけられる。侵入が将軍にわかるようにしたのは、保管庫におびき寄せるための作戦だったのだ。最後のカードを脅し取り、6枚揃えて黒いボックスに挿入するマイケル。すると、ついにスキュラが姿を現すが……。

自由を手に入れるため、やっとの思いで手に入れたスキュラだったが、セルフの裏切りにより振り出しに戻ったマイケルたち。セルフは自分も部下もリンカーンに殺されたように偽装してスキュラを奪うと、それと引き換えに大金を手に入れようと画策していた。マイケルは何とかセルフを探そうとするが、リンカーンが捕まってしまう。

スキュラを完璧な形にして金に換えたいセルフはグレッチェンと組むことに。そしてマイケルが隠している最後のチップを奪おうと攻撃をしかけてくる。一度はスキュラを手にしたマイケルだったが、逃走中に頭痛に襲われセルフに再び奪われてしまう。そして、そのまま路上に倒れてしまったマイケルを組織が連れ去る。

将軍はスキュラ奪還のために働くなら、マイケルに最先端の手術を施して助けてやるとリンカーンに交換条件を出す。選択の余地のないリンカーンは、不本意ながらも組織と協力してセルフとグレッチェンの居所を突き止めるが肝心のスキュラは、持ち出された後だった。

組織による手術で一命を取り留めたマイケルだったが、仲間から隔離され街から遠く離れた山中の別荘に軟禁される。そこには組織が手配した精神分析医もいて「母上は生きていて組織のために働いている」と聞かされる。組織はマイケルを洗脳して仲間にしようとしていた。一方、組織を辞めたリサからマイケルの居所を知らされたサラは、車を飛ばして救出に向かう。

サラのお陰で組織の手から逃れたマイケルは、組織に協力しているリンカーンを止めようとマイアミへ向かう。一方、リンカーンはスキュラの隠し場所と思われる邸宅を探るうち自分の幼い頃の写真を見つける。写真に隠されたメッセージを読み解いて街中のカフェヘいくと、そこには母クリスティーナの姿が。クリスティーナこそが、スキュラを組織の手から騙し取った張本人だったのだ。

スキュラを将軍に返してマイケルと共に自由になろうとするリンカーンと、将軍を消して組織を変えれば自由になれるという母クリスティーナ。マイケルはその両方と対立し、三者三様の戦いとなっていた。クリスティーナはスキュラの技術の実用化について否定的な意見を持つサンディンスキー博士の拉致を計画していた。しかし、博士が到着する空港にはマイケルとサラが待ち構えていて、さらにリンカーンも現れ……。

インド首相の息子ナヴィーンが出席するエネルギー会議が開かれた。彼はそこでスキュラの技術について講演をするはずだったが、クリスティーナは彼を暗殺して世界規模の紛争を引き起こそうとしていた。そうとは知らないリンカーンは母親が仕組んだとおりにホテルや銀行を歩き回り、まるで暗殺犯であるかのような痕跡を残してしまうのだった。

暗殺犯に仕立て上げられたリンカーンはマイケルと共に警察に包囲されるが、逮捕寸前というところへ将軍の部下がやってきて、将軍のロフトへと連れ戻される。クリスティーナにしてやられたことで怒りが頂点に達した将軍は、マイケルらに「なんとしてもスキュラを手に入れなければ家族の安全はない」と本気の脅しをかける。マイケルはクリスティーナが銀行に現れると予測し、強盗を装って襲撃してスキュラを奪還するが、外でクリスティーナの部下たちと撃ち合いになり応戦したリンカーンが捕まってしまう。

クリスティーナは人質に取ったリンカーンの腹を撃ち、スキュラを返さなければこのまま見殺しにするとマイケルを脅す。一方、マイケルが素直に従うはずはないと思っていた将軍は、サラを人質にして一刻も早くスキュラを持ってこなければ殺す、と迫る。サラとリンカーン、愛する2人を救いたいがスキュラも諦めたくないマイケルの出した結論は……。同じ頃、シカゴにいるスクレはCノートと思いがけない再会を果たしていた。Cノートはマイケルを助ける方法があるから連絡先を教えろと持ちかける。

ついに長年にわたる因縁に決着をつける時が来た！
将軍とクリスティーナ、スキュラはどちらの手に!?
瀕死のリンカーンは助かるのか！
Tバッグ、スクレ、マホーン、セルフそれぞれの決着とは？
そして、サラとマイケルに未来はあるのか……