Seit Fox Mulder als kleiner Junge miterleben musste, wie seine Schwester Samantha scheinbar von Außerirdischen entführt wurde, glaubt er an deren Existenz und paranormale Phänomene. Dermaßen prädestiniert und mit dem nötigen Fachwissen ausgestattet, befasst er sich als Special Agent des FBI mit ungelösten Fällen, denen übernatürliche Ereignisse zugrunde liegen – den sogenannten „X-Akten“. Sein Status innerhalb der Behörde ist relativ niedrig, haust er doch in einem kleinen Kellerbüro, fernab vom emsigen Treiben seiner Kollegen. Doch nachdem er eines Tages die kühle und skeptische Forensikerin Dana Scully an die Seite gestellt bekommt – offiziell, um ihn zu unterstützen, inoffiziell, um ihn zu beobachten – gewinnen seine Ermittlungen immer mehr an Bedeutung. Nach und nach überzeugt er Scully von der Existenz wissenschaftlich ungeklärter Phänomene, und bald bilden die beiden Spezialisten ein unschlagbares Team im Kampf gegen Mutanten, Killer-Insekten und eine gigantische Verschwörung, die um jeden Preis versucht, die Existenz außerirdischen Lebens zu verschleiern und deren Macht bis in höchste Regierungsebenen reicht.