PHREEQC plus
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Acerca de esta app
Descripción y uso:
PHREEQC (autores: David L. Parkhurst, C.A.J. Appelo) es un código geoquímico favorito que se utiliza para el modelado de especiación. Nuestra aplicación brinda a los usuarios la experiencia de capacidades extendidas debido a la integración de MOPAC (autor: James JP Stewart), CHEMSOL (autores: Jan Florián, Arieh Warshel), XTB (autores: C. Bannwarth, E. Caldeweyher, S. Ehlert, A. Hansen, P. Pracht, J. Seibert, S. Spicher, S. Grimme, P. Shushkov, M. Stahn, H. Neugebauer, J.-M. Mewes, V. Asgeirsson, C. Bauer, J. Koopman ) y DFTB+ (autores: B. Hourahine, B. Aradi, V. Blum, F. Bonafé, A. Buccheri, C. Camacho, C. Cevallos, M. Y. Deshaye, T. Dumitrică, A. Dominguez, S. Ehlert, M Elstner, T. van der Heide, J. Hermann, S. Irle, J. J. Kranz, C. Köhler, T. Kowalczyk, T. Kubař, I. S. Lee, V. Lutsker, R. J. Maurer, S. K. Min, I. Mitchell, C Negre, T. A. Niehaus, A. M. N. Niklasson, A. J. Page, A. Pecchia, G. Penazzi, M. P. Persson, J. Řezáč, C. G. Sánchez, M. Sternberg, M. Stöhr, F. Stuckenberg, A. Tkatchenko, V. W.-z. Yu, T. Frauenheim). Cualquier especie personalizada que no esté presente en las bases de datos integradas se puede calcular dentro de la aplicación y los resultados se pueden utilizar en el modelo (en otras palabras, se puede construir una base de datos nueva y específica en cada ejecución por separado). Además, el paquete actual contiene numerosas bases de datos no convencionales que utilizan datos tanto experimentales como predichos/calculados de grandes bases de datos como CHNOSZ, ModelSEED, la biblioteca Alexandria, KEGG y otras fuentes literales.
Excepto por el estado de equilibrio, el código también admite el modelado cinético, para el cual los respectivos bloques de palabras clave se pueden generar automáticamente en función del cálculo del estado de transición anterior. Como alternativa para sistemas no acuosos, también está disponible el modelado de especiación FastChem Cond. Todas las funciones del programa están disponibles sin conexión.
Advertencia sobre la precisión computacional: MOPAC representa un compromiso razonable entre la potencia del dispositivo/tiempo de cálculo y la precisión de la predicción para una gran variedad de tipos de compuestos que van desde moléculas pequeñas a medianas. Sin embargo, la precisión es limitada. Para ajustar las energías resultantes se integran el modelo COSMO de MOPAC y los modelos de solvatación CHEMSOL, aunque originalmente CHEMSOL estaba destinado a usarse en combinación con estructuras y cargas calculadas en niveles teóricos superiores. Por lo tanto, todas las constantes de equilibrio y de velocidad calculadas deben tratarse con precaución y considerarse como una estimación aproximada en los casos en que no se disponga de datos experimentales (de las bases de datos incluidas). La integración de XTB y DFTB+ es experimental hasta el momento.
IMPORTANTE !!!
Aunque esta aplicación se compone de códigos y recursos de fuente abierta, las licencias de algunos componentes requieren que los usuarios citen las referencias originales al publicar los resultados. Verifique toda la información de licencia en los botones "Licencia" y "Acerca de la aplicación".
Todos los usuarios de la aplicación PHREEQC PLUS al descargarla, instalarla y utilizarla cumplen con todas las condiciones de licencia de los componentes de software individuales y asumen la responsabilidad de conservarlas.
Código fuente de la aplicación: https://github.com/alanliska/PHREEQC-plus
Contacto:
La compilación del código fuente para Android y el desarrollo de la aplicación para Android fueron realizados por Alan Liška (alan.liska@jh-inst.cas.cz) y Veronika Růžičková (sucha.ver@gmail.com), del Instituto J. Heyrovský de Química Física del CAS, v.v.i., Dolejškova 3/2155, 182 23 Praha 8, República Checa.
Sitio web: http://www.jh-inst.cas.cz/~liska/MobileChemistry.htm
Lista de software de terceros utilizado:
ACPDFVIEW, ANDROID SHELL, BLAS, CHEMSOL, DFTB+, DFTD4, EIGEN3, FASTCHEM Cond, GMP, GRAPHVIEW, LAPACK, MCTC-LIB, MOPAC, MSTORE, MULTICHARGE, OPENBABEL, OPENBLAS, OPENMOPAC, OPSIN, PHREEQC, PLOTMS, PYTHON, QCXMS, S-DFTD3, STDA, TBLITE, PRUEBA DE CONDUCCIÓN, TOML-F, TRANSPONER, X11-BASIC, XTB, XTB4STDA.
Más información sobre licencias y referencias: consulte la información de licencia dentro de la aplicación.
PHREEQC (autores: David L. Parkhurst, C.A.J. Appelo) es un código geoquímico favorito que se utiliza para el modelado de especiación. Nuestra aplicación brinda a los usuarios la experiencia de capacidades extendidas debido a la integración de MOPAC (autor: James JP Stewart), CHEMSOL (autores: Jan Florián, Arieh Warshel), XTB (autores: C. Bannwarth, E. Caldeweyher, S. Ehlert, A. Hansen, P. Pracht, J. Seibert, S. Spicher, S. Grimme, P. Shushkov, M. Stahn, H. Neugebauer, J.-M. Mewes, V. Asgeirsson, C. Bauer, J. Koopman ) y DFTB+ (autores: B. Hourahine, B. Aradi, V. Blum, F. Bonafé, A. Buccheri, C. Camacho, C. Cevallos, M. Y. Deshaye, T. Dumitrică, A. Dominguez, S. Ehlert, M Elstner, T. van der Heide, J. Hermann, S. Irle, J. J. Kranz, C. Köhler, T. Kowalczyk, T. Kubař, I. S. Lee, V. Lutsker, R. J. Maurer, S. K. Min, I. Mitchell, C Negre, T. A. Niehaus, A. M. N. Niklasson, A. J. Page, A. Pecchia, G. Penazzi, M. P. Persson, J. Řezáč, C. G. Sánchez, M. Sternberg, M. Stöhr, F. Stuckenberg, A. Tkatchenko, V. W.-z. Yu, T. Frauenheim). Cualquier especie personalizada que no esté presente en las bases de datos integradas se puede calcular dentro de la aplicación y los resultados se pueden utilizar en el modelo (en otras palabras, se puede construir una base de datos nueva y específica en cada ejecución por separado). Además, el paquete actual contiene numerosas bases de datos no convencionales que utilizan datos tanto experimentales como predichos/calculados de grandes bases de datos como CHNOSZ, ModelSEED, la biblioteca Alexandria, KEGG y otras fuentes literales.
Excepto por el estado de equilibrio, el código también admite el modelado cinético, para el cual los respectivos bloques de palabras clave se pueden generar automáticamente en función del cálculo del estado de transición anterior. Como alternativa para sistemas no acuosos, también está disponible el modelado de especiación FastChem Cond. Todas las funciones del programa están disponibles sin conexión.
Advertencia sobre la precisión computacional: MOPAC representa un compromiso razonable entre la potencia del dispositivo/tiempo de cálculo y la precisión de la predicción para una gran variedad de tipos de compuestos que van desde moléculas pequeñas a medianas. Sin embargo, la precisión es limitada. Para ajustar las energías resultantes se integran el modelo COSMO de MOPAC y los modelos de solvatación CHEMSOL, aunque originalmente CHEMSOL estaba destinado a usarse en combinación con estructuras y cargas calculadas en niveles teóricos superiores. Por lo tanto, todas las constantes de equilibrio y de velocidad calculadas deben tratarse con precaución y considerarse como una estimación aproximada en los casos en que no se disponga de datos experimentales (de las bases de datos incluidas). La integración de XTB y DFTB+ es experimental hasta el momento.
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Código fuente de la aplicación: https://github.com/alanliska/PHREEQC-plus
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Sitio web: http://www.jh-inst.cas.cz/~liska/MobileChemistry.htm
Lista de software de terceros utilizado:
ACPDFVIEW, ANDROID SHELL, BLAS, CHEMSOL, DFTB+, DFTD4, EIGEN3, FASTCHEM Cond, GMP, GRAPHVIEW, LAPACK, MCTC-LIB, MOPAC, MSTORE, MULTICHARGE, OPENBABEL, OPENBLAS, OPENMOPAC, OPSIN, PHREEQC, PLOTMS, PYTHON, QCXMS, S-DFTD3, STDA, TBLITE, PRUEBA DE CONDUCCIÓN, TOML-F, TRANSPONER, X11-BASIC, XTB, XTB4STDA.
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